PlantPromoterDB promoter information of AT1G11180.1

Summary of Gene (AT1G11180.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G11180 TAIR NCBI
Gene model	AT1G11180.1
Description	secretory carrier membrane protein (SCAMP) family protein; FUNCTIONS IN: transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: protein transport; LOCATED IN: integral to membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SCAMP (InterPro:IPR007273); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SC3 (SECRETORY CARRIER 3); transmembrane transporter (TAIR:AT1G61250.1); Has 511 Blast hits to 511 proteins in 83 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 333; Fungi - 12; Plants - 121; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 45 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 3744829-3746028)

`Genome position from initiation codon` `AT1G11175 AT1G11175.1 TSS from cDNA TSS information AT1G11180.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G11175.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G11180.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 + 3744880 -949

TSS peak G 4 + 3745742 -87

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	+	3744880	-949
TSS peak	`G`	4	+	3745742	-87

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 3744889 -940

TSS clone A clone + 3744939 -890

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	3744889	-940
TSS clone	`A`	clone	+	3744939	-890

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCCTCTCTC + 3744870 3744879 -959 -950

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCCTCTCTC`	+	3744870	3744879	-959	-950
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTATTGG + 3744679 3744686 -1150 -1143

AtREG611 CTTATTGG PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTATTGG + 3744716 3744723 -1113 -1106

AtREG611 CTTATTGG PPDB Motif PLACE Motif

REG TTCCACGT + 3745528 3745535 -301 -294

AtREG627 TTCCACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TACACGTGTCGT + 3745540 3745551 -289 -278

AtREG453 TACACGTG     ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG478    ACGTGTCG ABA, DREB1Aox, Drought PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG428     CGTGTCGT ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG TAGTGGGCTTTT + 3745579 3745590 -250 -239

AtREG532 TAGTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG510 AGTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518   GTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCTTG + 3745621 3745631 -208 -198

AtREG421 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTATTGG`		+	3744679	3744686	-1150	-1143
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTTATTGG`		+	3744716	3744723	-1113	-1106
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTCCACGT`		+	3745528	3745535	-301	-294
	AtREG627	`TTCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TACACGTGTCGT`		+	3745540	3745551	-289	-278
	AtREG453	`TACACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
	AtREG366	`CACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG478	`ACGTGTCG`	ABA, DREB1Aox, Drought	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG428	`CGTGTCGT`	ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAGTGGGCTTTT`		+	3745579	3745590	-250	-239
	AtREG532	`TAGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCTTG`		+	3745621	3745631	-208	-198
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG525	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None