PlantPromoterDB promoter information of AT1G12380.1

Summary of Gene (AT1G12380.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G12380 TAIR NCBI
Gene model	AT1G12380.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G62870.1); Has 97 Blast hits to 97 proteins in 28 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 25; Fungi - 8; Plants - 48; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 6 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4217880-4216681)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G12380.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G12380.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 4 - 4217122 -242

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	4	-	4217122	-242

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 4217126 -246

TSS clone A clone - 4217113 -233

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	4217126	-246
TSS clone	`A`	clone	-	4217113	-233

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTCTTC - 4217115 4217125 -235 -245

Y Patch TTTCTCTCCTCTTCTTCTCC - 4217132 4217151 -252 -271

Y Patch CTCTCTCTCTTTCTTC - 4217156 4217171 -276 -291

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTCTTC`	-	4217115	4217125	-235	-245
Y Patch	`TTTCTCTCCTCTTCTTCTCC`	-	4217132	4217151	-252	-271
Y Patch	`CTCTCTCTCTTTCTTC`	-	4217156	4217171	-276	-291
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCGCGTGT - 4217191 4217198 -311 -318

AtREG385 GCGCGTGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif ACACNNG

REG CGACGTGG - 4217221 4217228 -341 -348

AtREG465 CGACGTGG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TAAAACGC - 4217286 4217293 -406 -413

AtREG564 TAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AAGCGCGTGA - 4217295 4217304 -415 -424

AtREG492 AAGCGCGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG381 AGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG395 GCGCGTGA PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCGCGTGT`		-	4217191	4217198	-311	-318
	AtREG385	`GCGCGTGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif	`ACACNNG`
REG	`CGACGTGG`		-	4217221	4217228	-341	-348
	AtREG465	`CGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TAAAACGC`		-	4217286	4217293	-406	-413
	AtREG564	`TAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AAGCGCGTGA`		-	4217295	4217304	-415	-424
	AtREG492	`AAGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG381	`AGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG395	`GCGCGTGA`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None