PlantPromoterDB promoter information of AT1G12450.1

Summary of Gene (AT1G12450.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G12450 TAIR NCBI
Gene model	AT1G12450.1
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SNARE associated Golgi protein (InterPro:IPR015414); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G22850.1); Has 1233 Blast hits to 1230 proteins in 347 species: Archae - 2; Bacteria - 557; Metazoa - 104; Fungi - 72; Plants - 132; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 366 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4243496-4244695)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G12450.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G12450.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 4244310 -186

TSS peak G 2 + 4244474 -22

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	4244310	-186
TSS peak	`G`	2	+	4244474	-22

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 4244315 -181

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	4244315	-181

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTCT + 4244315 4244323 -181 -173

Y Patch CTCTCTCC + 4244335 4244342 -161 -154

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTCT`	+	4244315	4244323	-181	-173
Y Patch	`CTCTCTCC`	+	4244335	4244342	-161	-154
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGACACCGGTTTAA + 4244215 4244229 -281 -267

AtREG599 ACGACACC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG436      ACCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412       CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473        CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CTAACGGTTTAA + 4244362 4244373 -134 -123

AtREG603 CTAACGGT     PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG652    ACGGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG473     CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAACCGAA + 4244384 4244391 -112 -105

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TCTGACGG + 4244419 4244426 -77 -70

AtREG622 TCTGACGG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGACACCGGTTTAA`		+	4244215	4244229	-281	-267
	AtREG599	`ACGACACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CTAACGGTTTAA`		+	4244362	4244373	-134	-123
	AtREG603	`CTAACGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG652	`ACGGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAACCGAA`		+	4244384	4244391	-112	-105
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TCTGACGG`		+	4244419	4244426	-77	-70
	AtREG622	`TCTGACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None