PlantPromoterDB promoter information of AT1G12760.2

Summary of Gene (AT1G12760.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G12760 TAIR NCBI
Gene model	AT1G12760.2
Description	protein binding / ubiquitin-protein ligase/ zinc ion binding; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, protein binding, zinc ion binding; LOCATED IN: chloroplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type (InterPro:IPR013083); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT1G63170.1); Has 6688 Blast hits to 6669 proteins in 210 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 2304; Fungi - 503; Plants - 2742; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 1114 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4347941-4349140)

`Genome position from initiation codon` `AT1G12760.1 TSS from cDNA TSS information AT1G12760.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G12750.1 AT1G12750.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G12760.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 4348520 -421

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	4348520	-421

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 4348498 -443

TSS clone G clone + 4348501 -440

TSS clone A clone + 4348502 -439

TSS clone T clone + 4348550 -391

TSS clone T clone + 4348564 -377

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	4348498	-443
TSS clone	`G`	clone	+	4348501	-440
TSS clone	`A`	clone	+	4348502	-439
TSS clone	`T`	clone	+	4348550	-391
TSS clone	`T`	clone	+	4348564	-377

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CATCTCTCTCTCTTC + 4348554 4348568 -387 -373

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CATCTCTCTCTCTTC`	+	4348554	4348568	-387	-373
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGGGCCTTTT + 4348349 4348359 -592 -582

AtREG429 ACGGGCCT    PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif GGGCC

AtREG359   GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459    GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG GTGGCCCATTTA + 4348393 4348404 -548 -537

AtREG445 GTGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG490 TGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361   GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386    GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443     CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTGACTTT + 4348441 4348448 -500 -493

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TAAACGAC + 4348469 4348476 -472 -465

AtREG565 TAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGGGCCTTTT`		+	4348349	4348359	-592	-582
	AtREG429	`ACGGGCCT`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTGGCCCATTTA`		+	4348393	4348404	-548	-537
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		+	4348441	4348448	-500	-493
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`TAAACGAC`		+	4348469	4348476	-472	-465
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None