PlantPromoterDB promoter information of AT1G12780

Summary of Gene (AT1G12780)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G12780 TAIR NCBI
Gene model	AT1G12780
Description	Encodes a UDP-glucose epimerase that catalyzes the interconversion of the sugar nucleotides UDP-glucose UDP-galactose via a UDP-4-keto-hexose intermediate. Responsive to stress.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4365570-4364371)

`Genome position from initiation codon` `AT1G12800.1 TSS from cDNA TSS information AT1G12780 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G12780

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 49 - 4358224 -104

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	49	-	4358224	-104

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 4358326 -206

TSS clone A clone - 4358255 -135

TSS clone A clone - 4358233 -113

TSS clone C clone - 4358226 -106

TSS clone C clone - 4358225 -105

TSS clone A clone - 4358224 -104

TSS clone T clone - 4358223 -103

TSS clone A clone - 4358220 -100

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	4358326	-206
TSS clone	`A`	clone	-	4358255	-135
TSS clone	`A`	clone	-	4358233	-113
TSS clone	`C`	clone	-	4358226	-106
TSS clone	`C`	clone	-	4358225	-105
TSS clone	`A`	clone	-	4358224	-104
TSS clone	`T`	clone	-	4358223	-103
TSS clone	`A`	clone	-	4358220	-100

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTC - 4358212 4358219 -92 -99

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTC`	-	4358212	4358219	-92	-99
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGCCCACT - 4358324 4358331 -204 -211

AtREG510 AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGCCCACT`		-	4358324	4358331	-204	-211
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 4365336 AT1G12800.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	4365336	AT1G12800.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 4365324 AT1G12800.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	4365324	AT1G12800.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCCTCTCT - 4365323 4365334 AT1G12800.1

Y Patch CCTTCCTC - 4365347 4365354 AT1G12800.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCCTCTCT`	-	4365323	4365334	AT1G12800.1
Y Patch	`CCTTCCTC`	-	4365347	4365354	AT1G12800.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACCACGTGTCT - 4365408 4365418 AT1G12800.1

AtREG544 ACCACGTG    ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG382 CCACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG470    ACGTGTCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG AAAACGACGT - 4365493 4365502 AT1G12800.1

AtREG520 AAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG ACGCGTGT - 4365535 4365542 AT1G12800.1

AtREG536 ACGCGTGT ABA, Drought PPDB Motif PLACE Motif ACACNNG

REG AGCCCAAT - 4365546 4365553 AT1G12800.1

AtREG402 AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTGGGCCAATTTTAGGCCCATG - 4365556 4365577 AT1G12800.1

AtREG420 TTGGGCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484 TGGGCCAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446   GGGCCAAT             CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430           TTTAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360            TTAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358             TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354              AGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504               GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY