version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G12780

Summary of Gene (AT1G12780)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G12780  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G12780  
Description Encodes a UDP-glucose epimerase that catalyzes the interconversion of the sugar nucleotides UDP-glucose UDP-galactose via a UDP-4-keto-hexose intermediate. Responsive to stress.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4365770-4364571)

Genome position     
from initiation codon
AT1G12800.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G12780                        5'->3' (-)
Promoter sequence











 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G12780

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA49-4358224-104

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-4358326-206
TSS cloneAclone-4358255-135
TSS cloneAclone-4358233-113
TSS cloneCclone-4358226-106
TSS cloneCclone-4358225-105
TSS cloneAclone-4358224-104
TSS cloneTclone-4358223-103
TSS cloneAclone-4358220-100

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTTC-43582124358219-92-99
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAGCCCACT-43583244358331-204-211
 AtREG510AGCCCACT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8-4365336AT1G12800.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone-4365324AT1G12800.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTTCCTCTCT-43653234365334AT1G12800.1
Y PatchCCTTCCTC-43653474365354AT1G12800.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACCACGTGTCT-43654084365418AT1G12800.1
 AtREG544ACCACGTG   ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG382 CCACGTGT  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG366  CACGTGTC ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG470   ACGTGTCTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
REGAAAACGACGT-43654934365502AT1G12800.1
 AtREG520AAAACGAC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415 AAACGACG  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG493  AACGACGT PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGACGCGTGT-43655354365542AT1G12800.1
 AtREG536ACGCGTGTABA, Drought PPDB Motif  PLACE MotifACACNNG 
REGAGCCCAAT-43655464365553AT1G12800.1
 AtREG402AGCCCAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGCTATTGGGCCAATTTTAGGCCCATG-43655564365580AT1G12800.1
 AtREG624CTATTGGG                  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC                 PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420   TTGGGCCA               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG484    TGGGCCAA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG446     GGGCCAAT            CK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG430             TTTAGGCC     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG360              TTAGGCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG358               TAGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354                AGGCCCAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG504                 GGCCCATG PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.