PlantPromoterDB promoter information of AT1G12780

Summary of Gene (AT1G12780)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G12780 TAIR NCBI
Gene model	AT1G12780
Description	Encodes a UDP-glucose epimerase that catalyzes the interconversion of the sugar nucleotides UDP-glucose UDP-galactose via a UDP-4-keto-hexose intermediate. Responsive to stress.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4368070-4366871)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G12780 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G12805.1 AT1G12810.1 AT1G12810.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G12780

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 49 - 4358224 -104

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	49	-	4358224	-104

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 4358326 -206

TSS clone A clone - 4358255 -135

TSS clone A clone - 4358233 -113

TSS clone C clone - 4358226 -106

TSS clone C clone - 4358225 -105

TSS clone A clone - 4358224 -104

TSS clone T clone - 4358223 -103

TSS clone A clone - 4358220 -100

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	4358326	-206
TSS clone	`A`	clone	-	4358255	-135
TSS clone	`A`	clone	-	4358233	-113
TSS clone	`C`	clone	-	4358226	-106
TSS clone	`C`	clone	-	4358225	-105
TSS clone	`A`	clone	-	4358224	-104
TSS clone	`T`	clone	-	4358223	-103
TSS clone	`A`	clone	-	4358220	-100

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTC - 4358212 4358219 -92 -99

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTC`	-	4358212	4358219	-92	-99
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGCCCACT - 4358324 4358331 -204 -211

AtREG510 AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGCCCACT`		-	4358324	4358331	-204	-211
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 10 + 4367295 AT1G12810.1, AT1G12810.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	10	+	4367295	AT1G12810.1, AT1G12810.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 4367301 AT1G12810.1, AT1G12810.2

TSS clone G clone + 4367307 AT1G12810.1, AT1G12810.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	4367301	AT1G12810.1, AT1G12810.2
TSS clone	`G`	clone	+	4367307	AT1G12810.1, AT1G12810.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATAGGCCCAATAG + 4367126 4367138 AT1G12810.1, AT1G12810.2

AtREG362 ATAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358 TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624      CCCAATAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATCGGCCCAAATCCAATAAG + 4367166 4367185 AT1G12810.1, AT1G12810.2

AtREG555 ATCGGCCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393 TCGGCCCA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414   CGGCCCAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373    GGCCCAAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421     GCCCAAAT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611             CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG GTGACACGTGA + 4367207 4367217 AT1G12810.1, AT1G12810.2

AtREG498 GTGACACG    ABA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG389 TGACACGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366   GACACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG628    ACACGTGA DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG