PlantPromoterDB promoter information of AT1G12800.1

Summary of Gene (AT1G12800.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G12800 TAIR NCBI
Gene model	AT1G12800.1
Description	S1 RNA-binding domain-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), S1, RNA binding (InterPro:IPR003029); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S1 RNA-binding domain-containing protein (TAIR:AT3G23700.1); Has 11447 Blast hits to 6135 proteins in 1348 species: Archae - 6; Bacteria - 6604; Metazoa - 236; Fungi - 109; Plants - 97; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 4392 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4366189-4364990)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G12800.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G12800.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 4365336 -147

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	4365336	-147

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 4365324 -135

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	4365324	-135

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCCTCTCT - 4365323 4365334 -134 -145

Y Patch CCTTCCTC - 4365347 4365354 -158 -165

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCCTCTCT`	-	4365323	4365334	-134	-145
Y Patch	`CCTTCCTC`	-	4365347	4365354	-158	-165
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCACGTGTCT - 4365408 4365418 -219 -229

AtREG544 ACCACGTG    ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG382 CCACGTGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG470    ACGTGTCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG AAAACGACGT - 4365493 4365502 -304 -313

AtREG520 AAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG ACGCGTGT - 4365535 4365542 -346 -353

AtREG536 ACGCGTGT ABA, Drought PPDB Motif PLACE Motif ACACNNG

REG AGCCCAAT - 4365546 4365553 -357 -364

AtREG402 AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CTATTGGGCCAATTTTAGGCCCATG - 4365556 4365580 -367 -391

AtREG624 CTATTGGG                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420    TTGGGCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484     TGGGCCAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446      GGGCCAAT             CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430              TTTAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360               TTAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358                TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354                 AGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504                  GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCACGTGTCT`		-	4365408	4365418	-219	-229
	AtREG544	`ACCACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG382	`CCACGTGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG366	`CACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG470	`ACGTGTCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
REG	`AAAACGACGT`		-	4365493	4365502	-304	-313
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`ACGCGTGT`		-	4365535	4365542	-346	-353
	AtREG536	`ACGCGTGT`	ABA, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif	`ACACNNG`
REG	`AGCCCAAT`		-	4365546	4365553	-357	-364
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`CTATTGGGCCAATTTTAGGCCCATG`		-	4365556	4365580	-367	-391
	AtREG624	`CTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG446	`GGGCCAAT`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG430	`TTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None