PlantPromoterDB promoter information of AT1G13870.1

Summary of Gene (AT1G13870.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G13870 TAIR NCBI
Gene model	AT1G13870.1
Description	Encodes a homolog of the yeast TOT4/KTI12 protein. Yeast TOT4/KTI12 associates with Elongator, a multisubunit complex that binds the RNA polymerase II transcription elongation complex. Ds insertion mutant has enlarged shoot apical region, 4 to 6 long slender leaves followed by spike-like structures, short roots.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4749345-4748146)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G13870.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G13880.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G13870.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 4748642 -297

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	4748642	-297

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATCTATAAG - 4748668 4748676 -323 -331

Y Patch CTTTCTTC - 4748628 4748635 -283 -290

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATCTATAAG`	-	4748668	4748676	-323	-331
Y Patch	`CTTTCTTC`	-	4748628	4748635	-283	-290
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAACCGGTTC - 4748679 4748690 -334 -345

AtREG473 TTAAACCG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436   AAACCGGT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528     ACCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CAAACCGGAC - 4748699 4748708 -354 -363

AtREG496 CAAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 AAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG573   AACCGGAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CTAAACCGGAC - 4748730 4748740 -385 -395

AtREG511 CTAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521   AAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG573    AACCGGAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAACCGGTTC`		-	4748679	4748690	-334	-345
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`ACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CAAACCGGAC`		-	4748699	4748708	-354	-363
	AtREG496	`CAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG573	`AACCGGAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CTAAACCGGAC`		-	4748730	4748740	-385	-395
	AtREG511	`CTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG573	`AACCGGAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 2 + 4748982 AT1G13880.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	2	+	4748982	AT1G13880.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 4748874 AT1G13880.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	4748874	AT1G13880.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCCTTCTTCC + 4749014 4749025 AT1G13880.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCCTTCTTCC`	+	4749014	4749025	AT1G13880.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGGTTTAA + 4748683 4748690 AT1G13880.1

AtREG473 CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GTCCGGTTTG + 4748699 4748708 AT1G13880.1

AtREG573 GTCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496   CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GTCCGGTTTAG + 4748730 4748740 AT1G13880.1

AtREG573 GTCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412   CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511    CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif