PlantPromoterDB promoter information of AT1G13990

Summary of Gene (AT1G13990)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G13990 TAIR NCBI
Gene model	AT1G13990
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4801310-4802509)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G13990 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G14010.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G13990

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 + 4794691 -119

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	+	4794691	-119

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 4794714 -96

TSS clone A clone + 4794757 -53

TSS clone A clone + 4794764 -46

TSS clone A clone + 4794772 -38

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	4794714	-96
TSS clone	`A`	clone	+	4794757	-53
TSS clone	`A`	clone	+	4794764	-46
TSS clone	`A`	clone	+	4794772	-38

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTT + 4794682 4794690 -128 -120

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTT`	+	4794682	4794690	-128	-120
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAATTACG + 4794550 4794557 -260 -253

AtREG646 TAATTACG ABA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAATTACG`		+	4794550	4794557	-260	-253
	AtREG646	`TAATTACG`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 4801823 AT1G14010.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	4801823	AT1G14010.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 4801842 AT1G14010.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	4801842	AT1G14010.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTCTCT - 4801805 4801813 AT1G14010.1

Y Patch CTTCCTTC - 4801859 4801866 AT1G14010.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTCTCT`	-	4801805	4801813	AT1G14010.1
Y Patch	`CTTCCTTC`	-	4801859	4801866	AT1G14010.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CACGTGTTGACTTT - 4801877 4801890 AT1G14010.1

AtREG590 CACGTGTT       ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG632       TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG AACACGTGGCAAT - 4801892 4801904 AT1G14010.1

AtREG590 AACACGTG      ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG382 ACACGTGG     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG367   CACGTGGC    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG379    ACGTGGCA   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG452     CGTGGCAA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG654      GTGGCAAT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG TCCACGTGTT - 4801922 4801931 AT1G14010.1

AtREG408 TCCACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG382 CCACGTGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG590   CACGTGTT ABA, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG TTAAAGCCCAATT - 4801946 4801958 AT1G14010.1

AtREG545 TTAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402     AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG418      GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAATGGGCCTTAA - 4801961 4801974 AT1G14010.1

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416       GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCAATTA - 4802107 4802114 AT1G14010.1

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif