version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G14280.1

Summary of Gene (AT1G14280.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G14280  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G14280.1  
Description Encodes phytochrome kinase substrate 2. PKS proteins are critical for hypocotyl phototropism.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 4876657-4877856)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G14280.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT1G14270.1         
AT1G14270.2         
AT1G14270.3         
AT1G14270.4         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence











 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G14280.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA13+4877634-23

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+4877512-145
TSS cloneAclone+4877637-20
TSS cloneAclone+4877638-19

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTTCTTCT+48775894877596-68-61
Y PatchTCTTCTTC+487767548776821825
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone-4877248AT1G14270.1, AT1G14270.2, AT1G14270.3, AT1G14270.4
TSS cloneTclone-4877244AT1G14270.1, AT1G14270.2, AT1G14270.3, AT1G14270.4
TSS clone peakAclone-4877208AT1G14270.1, AT1G14270.2, AT1G14270.3, AT1G14270.4
TSS cloneTclone-4877194AT1G14270.2, AT1G14270.3, AT1G14270.4
TSS cloneTclone-4877190AT1G14270.2, AT1G14270.3, AT1G14270.4
TSS cloneAclone-4877178AT1G14270.2, AT1G14270.3, AT1G14270.4

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTTCCTC-48772184877226AT1G14270.1, AT1G14270.2, AT1G14270.3, AT1G14270.4
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAAATGGGCCTTAA-48772894877302AT1G14270.1, AT1G14270.2, AT1G14270.3, AT1G14270.4
 AtREG443TAAATGGG       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG386 AAATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361  AATGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354   ATGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353    TGGGCCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG351     GGGCCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG416      GGCCTTAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTAATGGGCTTTGGGCCTATA-48773094877329AT1G14270.1, AT1G14270.2, AT1G14270.3, AT1G14270.4
 AtREG396TTAATGGG              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357 TAATGGGC             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   ATGGGCTT           PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376    TGGGCTTT          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG559     GGGCTTTG         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG373         TTTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356          TTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG358           TGGGCCTA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG362            GGGCCTAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG487             GGCCTATA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.