PlantPromoterDB promoter information of AT1G14830.1

Summary of Gene (AT1G14830.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G14830 TAIR NCBI
Gene model	AT1G14830.1
Description	Encodes a dynamin-like protein that is involved in mitochondrial morphogenesis and pollen development. Protein is localized as speckles in the cytoplasm, partially co-localizes with mitochondrial markers, cell plate of dividing cells, and the tip of root hairs, root cap cells, and expanding part of trichoblasts.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 5112470-5111271)

`Genome position from initiation codon` `AT1G14840.1 TSS from cDNA TSS information AT1G14830.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G14830.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 17 - 5111643 -173

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	17	-	5111643	-173

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 5111627 -157

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	5111627	-157

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTTCCT - 5111629 5111636 -159 -166

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTTCCT`	-	5111629	5111636	-159	-166
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGACGTGG - 5111748 5111755 -278 -285

AtREG465 CGACGTGG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG ACGCGTTT - 5111758 5111765 -288 -295

AtREG633 ACGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TTGAACCGGTTC - 5111782 5111793 -312 -323

AtREG640 TTGAACCG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480 TGAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528   GAACCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTGACTTT - 5111834 5111841 -364 -371

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TTATTGGG - 5111891 5111898 -421 -428

AtREG417 TTATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGACGTGG`		-	5111748	5111755	-278	-285
	AtREG465	`CGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`ACGCGTTT`		-	5111758	5111765	-288	-295
	AtREG633	`ACGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TTGAACCGGTTC`		-	5111782	5111793	-312	-323
	AtREG640	`TTGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`TGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`GAACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		-	5111834	5111841	-364	-371
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`TTATTGGG`		-	5111891	5111898	-421	-428
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None