PlantPromoterDB promoter information of AT1G14940

Summary of Gene (AT1G14940)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G14940 TAIR NCBI
Gene model	AT1G14940
Description	major latex protein-related / MLP-related; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to biotic stimulus, defense response; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bet v I allergen (InterPro:IPR000916); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: major latex protein-related / MLP-related (TAIR:AT1G14930.1); Has 223 Blast hits to 201 proteins in 35 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 223; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 5156512-5155313)

`Genome position from initiation codon` `AT1G14940.1 TSS from cDNA TSS information AT1G14940 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G14940

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 5155563 -51

TSS clone peak A clone - 5155561 -49

TSS clone T clone - 5155560 -48

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	5155563	-51
TSS clone peak	`A`	clone	-	5155561	-49
TSS clone	`T`	clone	-	5155560	-48

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GTGTATATAAAGG - 5155585 5155597 -73 -85

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GTGTATATAAAGG`	-	5155585	5155597	-73	-85
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCGTTTT - 5155625 5155632 -113 -120

AtREG531 GCCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TATATGGG - 5155788 5155795 -276 -283

AtREG620 TATATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAACCGGTC - 5155812 5155821 -300 -309

AtREG542 AAAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436 AAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG552 AACCGGTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCGTTTT`		-	5155625	5155632	-113	-120
	AtREG531	`GCCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TATATGGG`		-	5155788	5155795	-276	-283
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAACCGGTC`		-	5155812	5155821	-300	-309
	AtREG542	`AAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG552	`AACCGGTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None