PlantPromoterDB promoter information of AT1G15250.1

Summary of Gene (AT1G15250.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G15250 TAIR NCBI
Gene model	AT1G15250.1
Description	60S ribosomal protein L37 (RPL37A); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic large ribosomal subunit, ribosome; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L37e, conserved site (InterPro:IPR018267), Ribosomal protein, zinc-binding (InterPro:IPR011332), Ribosomal protein L37ae/L37e, core (InterPro:IPR011331), Ribosomal protein L37e (InterPro:IPR001569); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L37 (RPL37C) (TAIR:AT3G16080.1); Has 707 Blast hits to 707 proteins in 247 species: Archae - 202; Bacteria - 0; Metazoa - 220; Fungi - 103; Plants - 72; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 110 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 5250381-5249182)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G15250.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G15260.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G15250.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 - 5249430 -49

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	-	5249430	-49

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 5249473 -92

TSS clone T clone - 5249463 -82

TSS clone C clone - 5249431 -50

TSS clone G clone - 5249430 -49

TSS clone T clone - 5249419 -38

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	5249473	-92
TSS clone	`T`	clone	-	5249463	-82
TSS clone	`C`	clone	-	5249431	-50
TSS clone	`G`	clone	-	5249430	-49
TSS clone	`T`	clone	-	5249419	-38

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCT - 5249438 5249445 -57 -64

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCT`	-	5249438	5249445	-57	-64
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCAGGCCCATGAAGCCCATTAAGAAGCCCATAT - 5249509 5249541 -128 -160

AtREG619 CCAGGCCC                          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA                         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT                        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504    GGCCCATG                       PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG476           GAAGCCCA    GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378            AAGCCCAT    AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372             AGCCCATT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357              GCCCATTA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396               CCCATTAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604                CCATTAAG           PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG477                         AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432                          GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTGCCAC - 5249602 5249609 -221 -228

AtREG654 ATTGCCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCAGGCCCATGAAGCCCATTAAGAAGCCCATAT`		-	5249509	5249541	-128	-160
	AtREG619	`CCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG476	`GAAGCCCA GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTGCCAC`		-	5249602	5249609	-221	-228
	AtREG654	`ATTGCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 5249824 AT1G15260.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	5249824	AT1G15260.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 5249777 AT1G15260.1

TSS clone G clone + 5249825 AT1G15260.1

TSS clone A clone + 5249828 AT1G15260.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	5249777	AT1G15260.1
TSS clone	`G`	clone	+	5249825	AT1G15260.1
TSS clone	`A`	clone	+	5249828	AT1G15260.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CATGGGCCTGG + 5249531 5249541 AT1G15260.1

AtREG504 CATGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354 ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370   TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG619    GGGCCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GTGGCAAT + 5249602 5249609 AT1G15260.1

AtREG654 GTGGCAAT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC