PlantPromoterDB promoter information of AT1G15260

Summary of Gene (AT1G15260)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G15260 TAIR NCBI
Gene model	AT1G15260
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G16070.1); Has 9 Blast hits to 9 proteins in 2 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 9; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 5248834-5250033)

`Genome position from initiation codon` `AT1G15260.1 TSS from cDNA TSS information AT1G15260 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G15250.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G15260

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 5249824 -10

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	5249824	-10

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 5249777 -57

TSS clone G clone + 5249825 -9

TSS clone A clone + 5249828 -6

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	5249777	-57
TSS clone	`G`	clone	+	5249825	-9
TSS clone	`A`	clone	+	5249828	-6

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CATGGGCCTGG + 5249531 5249541 -303 -293

AtREG504 CATGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354 ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370   TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG619    GGGCCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GTGGCAAT + 5249602 5249609 -232 -225

AtREG654 GTGGCAAT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CATGGGCCTGG`		+	5249531	5249541	-303	-293
	AtREG504	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG619	`GGGCCTGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`GTGGCAAT`		+	5249602	5249609	-232	-225
	AtREG654	`GTGGCAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 - 5249430 AT1G15250.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	-	5249430	AT1G15250.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 5249473 AT1G15250.1

TSS clone T clone - 5249463 AT1G15250.1

TSS clone C clone - 5249431 AT1G15250.1

TSS clone G clone - 5249430 AT1G15250.1

TSS clone T clone - 5249419 AT1G15250.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	5249473	AT1G15250.1
TSS clone	`T`	clone	-	5249463	AT1G15250.1
TSS clone	`C`	clone	-	5249431	AT1G15250.1
TSS clone	`G`	clone	-	5249430	AT1G15250.1
TSS clone	`T`	clone	-	5249419	AT1G15250.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCT - 5249438 5249445 AT1G15250.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCT`	-	5249438	5249445	AT1G15250.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCAGGCCCATGAAGCCCATTAAGAAGCCCATAT - 5249509 5249541 AT1G15250.1

AtREG619 CCAGGCCC                          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA                         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT                        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504    GGCCCATG                       PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG476           GAAGCCCA    GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378            AAGCCCAT    AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372             AGCCCATT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357              GCCCATTA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396               CCCATTAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604                CCATTAAG           PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG477                         AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432                          GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTGCCAC - 5249602 5249609 AT1G15250.1

AtREG654 ATTGCCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC