PlantPromoterDB promoter information of AT1G16870.1

Summary of Gene (AT1G16870.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G16870 TAIR NCBI
Gene model	AT1G16870.1
Description	mitochondrial 28S ribosomal protein S29-related; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 184 Blast hits to 183 proteins in 89 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 92; Fungi - 30; Plants - 19; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 43 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 5774157-5772958)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G16870.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G16880.1 AT1G16880.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G16870.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 5773220 -63

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	5773220	-63

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 5773248 -91

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	5773248	-91

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCCTCTC - 5773232 5773239 -75 -82

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCCTCTC`	-	5773232	5773239	-75	-82
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAATGGGCCTAAC - 5773295 5773308 -138 -151

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG535       GGCCTAAC PPDB Motif PLACE Motif

REG TCAGCCCACT - 5773311 5773320 -154 -163

AtREG609 TCAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG510   AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG GGCCTTTATGGCCCAAAC - 5773337 5773354 -180 -197

AtREG467 GGCCTTTA           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG479       TATGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG437        ATGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420         TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373          GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG474           GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACGTCATC - 5773368 5773375 -211 -218

AtREG578 ACGTCATC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG ATTGGCCC - 5773474 5773481 -317 -324

AtREG446 ATTGGCCC CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAATGGGCCTAAC`		-	5773295	5773308	-138	-151
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG535	`GGCCTAAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCAGCCCACT`		-	5773311	5773320	-154	-163
	AtREG609	`TCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`GGCCTTTATGGCCCAAAC`		-	5773337	5773354	-180	-197
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG479	`TATGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG474	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACGTCATC`		-	5773368	5773375	-211	-218
	AtREG578	`ACGTCATC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`ATTGGCCC`		-	5773474	5773481	-317	-324
	AtREG446	`ATTGGCCC`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 17 + 5773708 AT1G16880.1, AT1G16880.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	17	+	5773708	AT1G16880.1, AT1G16880.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 5773657 AT1G16880.1, AT1G16880.2

TSS clone A clone + 5773679 AT1G16880.1, AT1G16880.2

TSS clone T clone + 5773709 AT1G16880.1, AT1G16880.2

TSS clone A clone + 5773713 AT1G16880.1, AT1G16880.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	5773657	AT1G16880.1, AT1G16880.2
TSS clone	`A`	clone	+	5773679	AT1G16880.1, AT1G16880.2
TSS clone	`T`	clone	+	5773709	AT1G16880.1, AT1G16880.2
TSS clone	`A`	clone	+	5773713	AT1G16880.1, AT1G16880.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCTTCTTCTTC + 5773717 5773731 AT1G16880.1, AT1G16880.2

Y Patch TCCTCTCT + 5773749 5773756 AT1G16880.1, AT1G16880.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCTTCTTCTTC`	+	5773717	5773731	AT1G16880.1, AT1G16880.2
Y Patch	`TCCTCTCT`	+	5773749	5773756	AT1G16880.1, AT1G16880.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGGCCAAT + 5773474 5773481 AT1G16880.1, AT1G16880.2

AtREG446 GGGCCAAT CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC