PlantPromoterDB promoter information of AT1G16880

Summary of Gene (AT1G16880)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G16880 TAIR NCBI
Gene model	AT1G16880
Description	uridylyltransferase-related; INVOLVED IN: response to cold; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, stromule, chloroplast stroma, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ACT domain-containing protein (TAIR:AT5G04740.1); Has 304 Blast hits to 276 proteins in 50 species: Archae - 0; Bacteria - 70; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 178; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 56 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 5772796-5773995)

`Genome position from initiation codon` `AT1G16880.1 AT1G16880.2 TSS from cDNA TSS information AT1G16880 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G16870.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G16880

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 17 + 5773708 -88

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	17	+	5773708	-88

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 5773657 -139

TSS clone A clone + 5773679 -117

TSS clone T clone + 5773709 -87

TSS clone A clone + 5773713 -83

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	5773657	-139
TSS clone	`A`	clone	+	5773679	-117
TSS clone	`T`	clone	+	5773709	-87
TSS clone	`A`	clone	+	5773713	-83

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCTTCTTCTTC + 5773717 5773731 -79 -65

Y Patch TCCTCTCT + 5773749 5773756 -47 -40

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCTTCTTCTTC`	+	5773717	5773731	-79	-65
Y Patch	`TCCTCTCT`	+	5773749	5773756	-47	-40
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGCCAAT + 5773474 5773481 -322 -315

AtREG446 GGGCCAAT CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGCCAAT`		+	5773474	5773481	-322	-315
	AtREG446	`GGGCCAAT`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 5773220 AT1G16870.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	5773220	AT1G16870.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 5773248 AT1G16870.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	5773248	AT1G16870.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCCTCTC - 5773232 5773239 AT1G16870.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCCTCTC`	-	5773232	5773239	AT1G16870.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTAATGGGCCTAAC - 5773295 5773308 AT1G16870.1

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG535       GGCCTAAC PPDB Motif PLACE Motif

REG TCAGCCCACT - 5773311 5773320 AT1G16870.1

AtREG609 TCAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG510   AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG GGCCTTTATGGCCCAAAC - 5773337 5773354 AT1G16870.1

AtREG467 GGCCTTTA           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG479       TATGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG437        ATGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420         TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373          GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG474           GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACGTCATC - 5773368 5773375 AT1G16870.1

AtREG578 ACGTCATC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG ATTGGCCC - 5773474 5773481 AT1G16870.1

AtREG446 ATTGGCCC CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC