PlantPromoterDB promoter information of AT1G17210.1

Summary of Gene (AT1G17210.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G17210 TAIR NCBI
Gene model	AT1G17210.1
Description	zinc ion binding; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: cytosol, nucleus, phragmoplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C3HC-like (InterPro:IPR012935), Proteinase inhibitor I32, inhibitor of apoptosis (InterPro:IPR001370); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc ion binding (TAIR:AT1G48950.1); Has 388 Blast hits to 192 proteins in 68 species: Archae - 2; Bacteria - 7; Metazoa - 100; Fungi - 38; Plants - 41; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 200 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 5885657-5884458)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G17210.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G17220.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G17210.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 34 - 5884753 -96

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	34	-	5884753	-96

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 5884677 -20

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	5884677	-20

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTTTCT - 5884731 5884739 -74 -82

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTTTCT`	-	5884731	5884739	-74	-82
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CACACGTGGCT - 5884896 5884906 -239 -249

AtREG460 CACACGTG    ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG382 ACACGTGG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG367   CACGTGGC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG450    ACGTGGCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG TAAAGCCCATTTA - 5884940 5884952 -283 -295

AtREG365 TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443      CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTATTGGGCTC - 5884958 5884968 -301 -311

AtREG624 CTATTGGG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533    TTGGGCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CACACGTGGCT`		-	5884896	5884906	-239	-249
	AtREG460	`CACACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG382	`ACACGTGG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG367	`CACGTGGC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG450	`ACGTGGCT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
REG	`TAAAGCCCATTTA`		-	5884940	5884952	-283	-295
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTATTGGGCTC`		-	5884958	5884968	-301	-311
	AtREG624	`CTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG533	`TTGGGCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 5885156 AT1G17220.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	5885156	AT1G17220.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 5885083 AT1G17220.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	5885083	AT1G17220.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTTCTTCTTCTTCCTCCTTC + 5885132 5885155 AT1G17220.1

Y Patch TCTTCTTCTTCCTCTCTCTCTTTCTCTC + 5885161 5885188 AT1G17220.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTTCTTCTTCTTCCTCCTTC`	+	5885132	5885155	AT1G17220.1
Y Patch	`TCTTCTTCTTCCTCTCTCTCTTTCTCTC`	+	5885161	5885188	AT1G17220.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AGCCACGTGTG + 5884896 5884906 AT1G17220.1

AtREG450 AGCCACGT    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG367 GCCACGTG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG382   CCACGTGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG460    CACGTGTG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

REG TAAATGGGCTTTA + 5884940 5884952 AT1G17220.1

AtREG443 TAAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365      GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAGCCCAATAG + 5884958 5884968 AT1G17220.1

AtREG533 GAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402 AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355   GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624    CCCAATAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCTTAT + 5885051 5885058 AT1G17220.1

AtREG425 GGCCTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif