PlantPromoterDB promoter information of AT1G17790.1

Summary of Gene (AT1G17790.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G17790 TAIR NCBI
Gene model	AT1G17790.1
Description	DNA-binding bromodomain-containing protein; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bromodomain (InterPro:IPR001487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTE3 (GLOBAL TRANSCRIPTION FACTOR GROUP E 3); DNA binding / histone binding (TAIR:AT1G73150.1); Has 10421 Blast hits to 6039 proteins in 444 species: Archae - 16; Bacteria - 924; Metazoa - 4753; Fungi - 937; Plants - 711; Viruses - 164; Other Eukaryotes - 2916 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6128276-6127077)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G17790.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G17790.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 6127474 -198

TSS clone peak T clone - 6127473 -197

TSS clone A clone - 6127404 -128

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	6127474	-198
TSS clone peak	`T`	clone	-	6127473	-197
TSS clone	`A`	clone	-	6127404	-128

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTCTTTC - 6127375 6127387 -99 -111

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTCTTTC`	-	6127375	6127387	-99	-111
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAGCGCGTGA - 6127496 6127505 -220 -229

AtREG492 AAGCGCGT   PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG381 AGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG395   GCGCGTGA PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG ACCGGTTTGG - 6127585 6127594 -309 -318

AtREG436 ACCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496 CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG550   CGGTTTGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAGCGCGTGA`		-	6127496	6127505	-220	-229
	AtREG492	`AAGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG381	`AGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG395	`GCGCGTGA`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`ACCGGTTTGG`		-	6127585	6127594	-309	-318
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG550	`CGGTTTGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None