PlantPromoterDB promoter information of AT1G17860

Summary of Gene (AT1G17860)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G17860 TAIR NCBI
Gene model	AT1G17860
Description	trypsin and protease inhibitor family protein / Kunitz family protein; FUNCTIONS IN: endopeptidase inhibitor activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: apoplast, cell wall; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume (InterPro:IPR002160), Kunitz inhibitor ST1-like (InterPro:IPR011065); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: trypsin and protease inhibitor family protein / Kunitz family protein (TAIR:AT1G73260.1); Has 508 Blast hits to 508 proteins in 92 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 507; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6148343-6149542)

`Genome position from initiation codon` `AT1G17860.1 TSS from cDNA TSS information AT1G17860 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G17850.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G17860

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 34 + 6149301 -42

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	34	+	6149301	-42

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 6149235 -108

TSS clone A clone + 6149301 -42

TSS clone A clone + 6149302 -41

TSS clone A clone + 6149306 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	6149235	-108
TSS clone	`A`	clone	+	6149301	-42
TSS clone	`A`	clone	+	6149302	-41
TSS clone	`A`	clone	+	6149306	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCAGGGGT + 6149103 6149110 -240 -233

AtREG595 TCAGGGGT CK PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

REG GACGTCGTC + 6149122 6149130 -221 -213

AtREG431 GACGTCGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG526 ACGTCGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG ACACGTCA + 6149162 6149169 -181 -174

AtREG517 ACACGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TTGACTTTGACTTT + 6149239 6149252 -104 -91

AtREG632 TTGACTTTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCAGGGGT`		+	6149103	6149110	-240	-233
	AtREG595	`TCAGGGGT`	CK	PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif
REG	`GACGTCGTC`		+	6149122	6149130	-221	-213
	AtREG431	`GACGTCGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG526	`ACGTCGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`ACACGTCA`		+	6149162	6149169	-181	-174
	AtREG517	`ACACGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`TTGACTTTGACTTT`		+	6149239	6149252	-104	-91
	AtREG632	`TTGACTTTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None