PlantPromoterDB promoter information of AT1G17880.1

Summary of Gene (AT1G17880.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G17880 TAIR NCBI
Gene model	AT1G17880.1
Description	nascent polypeptide-associated complex (NAC) domain-containing protein / BTF3b-like transcription factor, putative; FUNCTIONS IN: transcription factor activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nascent polypeptide-associated complex NAC (InterPro:IPR002715); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nascent polypeptide-associated complex (NAC) domain-containing protein (TAIR:AT1G73230.1); Has 620 Blast hits to 620 proteins in 181 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 334; Fungi - 124; Plants - 89; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 73 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6154425-6153226)

`Genome position from initiation codon` `AT1G17890.1 AT1G17890.2 AT1G17890.3 TSS from cDNA TSS information AT1G17880.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G17880.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 6153921 -496

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	6153921	-496

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 6153982 -557

TSS clone C clone - 6153954 -529

TSS clone G clone - 6153953 -528

TSS clone C clone - 6153952 -527

TSS clone G clone - 6153951 -526

TSS clone T clone - 6153939 -514

TSS clone T clone - 6153935 -510

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	6153982	-557
TSS clone	`C`	clone	-	6153954	-529
TSS clone	`G`	clone	-	6153953	-528
TSS clone	`C`	clone	-	6153952	-527
TSS clone	`G`	clone	-	6153951	-526
TSS clone	`T`	clone	-	6153939	-514
TSS clone	`T`	clone	-	6153935	-510

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTCCTCTCTCT - 6153937 6153952 -512 -527

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTCCTCTCTCT`	-	6153937	6153952	-512	-527
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCGTTAG - 6154015 6154022 -590 -597

AtREG603 ACCGTTAG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG ATCCAACGG - 6154060 6154068 -635 -643

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

AtREG554 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG TTTTGGGCCTTATGGGCCAAT - 6154082 6154102 -657 -677

AtREG529 TTTTGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351     GGGCCTTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425      GGCCTTAT         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG394          TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364           TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490            ATGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484             TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446              GGGCCAAT CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ATTGGCCCAGT - 6154107 6154117 -682 -692

AtREG446 ATTGGCCC    CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG484 TTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG458   TGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG384    GGCCCAGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GCCCAGTA - 6154125 6154132 -700 -707

AtREG434 GCCCAGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCGTTAG`		-	6154015	6154022	-590	-597
	AtREG603	`ACCGTTAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`ATCCAACGG`		-	6154060	6154068	-635	-643
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG554	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`TTTTGGGCCTTATGGGCCAAT`		-	6154082	6154102	-657	-677
	AtREG529	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG425	`GGCCTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG446	`GGGCCAAT`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ATTGGCCCAGT`		-	6154107	6154117	-682	-692
	AtREG446	`ATTGGCCC`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG458	`TGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG384	`GGCCCAGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GCCCAGTA`		-	6154125	6154132	-700	-707
	AtREG434	`GCCCAGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None