PlantPromoterDB promoter information of AT1G17890.2

Summary of Gene (AT1G17890.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G17890 TAIR NCBI
Gene model	AT1G17890.2
Description	GER2; FUNCTIONS IN: coenzyme binding, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: GDP-L-fucose biosynthetic process, cellular metabolic process, metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GER1 (GDP-4-KETO-6-DEOXYMANNOSE-3,5-EPIMERASE-4-REDUCTASE 1); GDP-L-fucose synthase (TAIR:AT1G73250.1); Has 18894 Blast hits to 18893 proteins in 1572 species: Archae - 373; Bacteria - 8804; Metazoa - 430; Fungi - 144; Plants - 435; Viruses - 22; Other Eukaryotes - 8686 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6156440-6155241)

`Genome position from initiation codon` `AT1G17890.1 AT1G17890.3 TSS from cDNA TSS information AT1G17890.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G17890.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 - 6155750 -310

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	-	6155750	-310

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 6155751 -311

TSS clone G clone - 6155749 -309

TSS clone A clone - 6155742 -302

TSS clone G clone - 6155741 -301

TSS clone C clone - 6155700 -260

TSS clone A clone - 6155661 -221

TSS clone A clone - 6155652 -212

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	6155751	-311
TSS clone	`G`	clone	-	6155749	-309
TSS clone	`A`	clone	-	6155742	-302
TSS clone	`G`	clone	-	6155741	-301
TSS clone	`C`	clone	-	6155700	-260
TSS clone	`A`	clone	-	6155661	-221
TSS clone	`A`	clone	-	6155652	-212

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTCC - 6155732 6155739 -292 -299

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTCC`	-	6155732	6155739	-292	-299
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTAGGCCCATGGGCCA - 6155802 6155818 -362 -378

AtREG430 TTTAGGCC          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG591       CCCATGGG    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG507      GCCCATGGGC   PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG504     GGCCCATGGGCC PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490          ATGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG AAATGGGC - 6155841 6155848 -401 -408

AtREG386 AAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATAGGCC - 6155876 6155883 -436 -443

AtREG424 AATAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG GTCCGGTTTAA - 6155888 6155898 -448 -458

AtREG573 GTCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412   CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473    CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CGAACCGGAA - 6155903 6155912 -463 -472

AtREG423 CGAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 GAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534   AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTAGGCCCATGGGCCA`		-	6155802	6155818	-362	-378
	AtREG430	`TTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG591	`CCCATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG507	`GCCCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG504	`GGCCCATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`AAATGGGC`		-	6155841	6155848	-401	-408
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATAGGCC`		-	6155876	6155883	-436	-443
	AtREG424	`AATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTCCGGTTTAA`		-	6155888	6155898	-448	-458
	AtREG573	`GTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`TCCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CGAACCGGAA`		-	6155903	6155912	-463	-472
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`GAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`AACCGGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None