PlantPromoterDB promoter information of AT1G18080.1

Summary of Gene (AT1G18080.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G18080 TAIR NCBI
Gene model	AT1G18080.1
Description	Encodes the Arabidopsis thaliana homolog of the tobacco WD-40 repeat ArcA gene.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6221325-6222524)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G18080.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G18080.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 156 + 6222262 -63

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	156	+	6222262	-63

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 6222256 -69

TSS clone T clone + 6222259 -66

TSS clone G clone + 6222262 -63

TSS clone T clone + 6222263 -62

TSS clone T clone + 6222265 -60

TSS clone C clone + 6222269 -56

TSS clone T clone + 6222295 -30

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	6222256	-69
TSS clone	`T`	clone	+	6222259	-66
TSS clone	`G`	clone	+	6222262	-63
TSS clone	`T`	clone	+	6222263	-62
TSS clone	`T`	clone	+	6222265	-60
TSS clone	`C`	clone	+	6222269	-56
TSS clone	`T`	clone	+	6222295	-30

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATAAATA + 6222221 6222230 -104 -95

Y Patch CCTTCTTCTT + 6222251 6222260 -74 -65

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATAAATA`	+	6222221	6222230	-104	-95
Y Patch	`CCTTCTTCTT`	+	6222251	6222260	-74	-65
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAGCCCATATA + 6222015 6222025 -310 -300

AtREG581 TAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477 AGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432   GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620    CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCTTTTA + 6222053 6222060 -272 -265

AtREG549 GGCTTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATATGGGCTGA + 6222125 6222135 -200 -190

AtREG432 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG609    TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATAAGCCCATTAA + 6222137 6222149 -188 -176

AtREG462 ATAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396      CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG TGAGCCCATAT + 6222178 6222188 -147 -137

AtREG485 TGAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAGCCCATATA`		+	6222015	6222025	-310	-300
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCTTTTA`		+	6222053	6222060	-272	-265
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATATGGGCTGA`		+	6222125	6222135	-200	-190
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG609	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ATAAGCCCATTAA`		+	6222137	6222149	-188	-176
	AtREG462	`ATAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`TGAGCCCATAT`		+	6222178	6222188	-147	-137
	AtREG485	`TGAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None