PlantPromoterDB promoter information of AT1G19150

Summary of Gene (AT1G19150)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G19150 TAIR NCBI
Gene model	AT1G19150
Description	PSI type II chlorophyll a/b-binding protein (Lhca2*1) mRNA,

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6611806-6613005)

`Genome position from initiation codon` `AT1G19150.1 TSS from cDNA TSS information AT1G19150 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G19140.1 AT1G19140.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G19150

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 6612780 -26

TSS clone peak C clone + 6612786 -20

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	6612780	-26
TSS clone peak	`C`	clone	+	6612786	-20

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AATTGGGCGTTTT + 6612523 6612535 -283 -271

AtREG418 AATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG650      GGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG ATTGGCCCACTA + 6612556 6612567 -250 -239

AtREG446 ATTGGCCC     CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG484 TTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG532     GCCCACTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTACACGTGTCACGT + 6612677 6612691 -129 -115

AtREG562 GTACACGT        ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG453 TACACGTG       ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG366    CACGTGTC     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG389     ACGTGTCA    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG498      CGTGTCAC   ABA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG606        TGTCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CAAAGCCCATAA + 6612723 6612734 -83 -72

AtREG559 CAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477    AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394     GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AATTGGGCGTTTT`		+	6612523	6612535	-283	-271
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG650	`GGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`ATTGGCCCACTA`		+	6612556	6612567	-250	-239
	AtREG446	`ATTGGCCC`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG532	`GCCCACTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTACACGTGTCACGT`		+	6612677	6612691	-129	-115
	AtREG562	`GTACACGT`	ABA, Auxin	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG453	`TACACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
	AtREG366	`CACGTGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC`
	AtREG389	`ACGTGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG498	`CGTGTCAC`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG606	`TGTCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`CAAAGCCCATAA`		+	6612723	6612734	-83	-72
	AtREG559	`CAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 - 6612449 AT1G19140.2, AT1G19140.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	-	6612449	AT1G19140.2, AT1G19140.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 6612516 AT1G19140.2, AT1G19140.1

TSS clone A clone - 6612465 AT1G19140.2, AT1G19140.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	6612516	AT1G19140.2, AT1G19140.1
TSS clone	`A`	clone	-	6612465	AT1G19140.2, AT1G19140.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAACGCCCAATT - 6612523 6612535 AT1G19140.1, AT1G19140.2

AtREG650 AAAACGCC      PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG418      GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAGTGGGCCAAT - 6612556 6612567 AT1G19140.1, AT1G19140.2

AtREG532 TAGTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG484    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446     GGGCCAAT CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ACGTGACACGTGTAC - 6612677 6612691 AT1G19140.1, AT1G19140.2

AtREG606 ACGTGACA        ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG498   GTGACACG      ABA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG389    TGACACGT     ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG366     GACACGTG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG453       CACGTGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG562        ACGTGTAC ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TTATGGGCTTTG - 6612723 6612734 AT1G19140.1, AT1G19140.2

AtREG394 TTATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG559     GGGCTTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif