PlantPromoterDB promoter information of AT1G19310.1

Summary of Gene (AT1G19310.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G19310 TAIR NCBI
Gene model	AT1G19310.1
Description	zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: protein binding, zinc ion binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type (InterPro:IPR013083); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT2G23780.1); Has 3650 Blast hits to 3643 proteins in 226 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 2420; Fungi - 377; Plants - 427; Viruses - 21; Other Eukaryotes - 403 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6678104-6676905)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G19310.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G19310.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 6677642 -538

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	6677642	-538

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 6677645 -541

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	6677645	-541

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTCC - 6677627 6677634 -523 -530

Y Patch TCTTTCTCTC - 6677646 6677655 -542 -551

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTCC`	-	6677627	6677634	-523	-530
Y Patch	`TCTTTCTCTC`	-	6677646	6677655	-542	-551
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGACACGTCA - 6677717 6677726 -613 -622

AtREG470 AGACACGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG481 GACACGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG517   ACACGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CCCACGTGGAA - 6677745 6677755 -641 -651

AtREG464 CCCACGTG    ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG408   CACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG627    ACGTGGAA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG GTCACGTG - 6677766 6677773 -662 -669

AtREG583 GTCACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG ATCCAACGGTTAAG - 6677810 6677823 -706 -719

AtREG586 ATCCAACG       PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

AtREG554 TCCAACGG      PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG605       CGGTTAAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGACACGTCA`		-	6677717	6677726	-613	-622
	AtREG470	`AGACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG481	`GACACGTC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC`
	AtREG517	`ACACGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`CCCACGTGGAA`		-	6677745	6677755	-641	-651
	AtREG464	`CCCACGTG`	ABA, Auxin, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG408	`CACGTGGA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG627	`ACGTGGAA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`GTCACGTG`		-	6677766	6677773	-662	-669
	AtREG583	`GTCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
REG	`ATCCAACGGTTAAG`		-	6677810	6677823	-706	-719
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	AtREG554	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG605	`CGGTTAAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None