version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G19580.1

Summary of Gene (AT1G19580.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G19580  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G19580.1  
Description Encodes mitochondrial gamma carbonic anhydrase. Component of the NADH dehydrogenase complex.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6773937-6775136)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G19580.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence



 
AT1G19570.1         
AT1G19570.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence


 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G19580.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+6774820-117
TSS clone peakTclone+6774878-59
TSS cloneAclone+6774886-51

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTCTTC+67748516774860-86-77
Y PatchCGTCTTCTTC+67748766774885-61-52
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGAAACGACA+67745816774589-356-348
 AtREG576GAAACGAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTCGGTTTAA+67746856774693-252-244
 AtREG514TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473 CGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA328-6774455AT1G19570.1, AT1G19570.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-6774455AT1G19570.1, AT1G19570.2
TSS cloneAclone-6774454AT1G19570.1, AT1G19570.2
TSS cloneAclone-6774451AT1G19570.1, AT1G19570.2
TSS cloneTclone-6774450AT1G19570.1, AT1G19570.2
TSS cloneCclone-6774432AT1G19570.1, AT1G19570.2
TSS cloneAclone-6774429AT1G19570.1, AT1G19570.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATGGCCCA-67745176774524AT1G19570.1, AT1G19570.2
 AtREG437ATGGCCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGAACACGTGA-67745486774556AT1G19570.1, AT1G19570.2
 AtREG590AACACGTG ABA, JA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG628 ACACGTGADREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
REGTGTCGTTTC-67745816774589AT1G19570.1, AT1G19570.2
 AtREG569TGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG576 GTCGTTTC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTAAACCGA-67746856774693AT1G19570.1, AT1G19570.2
 AtREG473TTAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.