PlantPromoterDB promoter information of AT1G19890

Summary of Gene (AT1G19890)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G19890 TAIR NCBI
Gene model	AT1G19890
Description	histone 3.3, male-gamete-specific expression

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6904034-6905233)

`Genome position from initiation codon` `AT1G19890.1 TSS from cDNA TSS information AT1G19890 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G19880.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G19890

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 2 + 6904966 -68

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	2	+	6904966	-68

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CACTATATAAG + 6904925 6904935 -109 -99

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CACTATATAAG`	+	6904925	6904935	-109	-99
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTAGGCCTTTT + 6904671 6904682 -363 -352

AtREG430 TTTAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG459     GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTAGGCCCACTGGCCCAGA + 6904732 6904751 -302 -283

AtREG506 ATTAGGCC             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482    AGGCCCAC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG458            TGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG397             GGCCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG CCCATTAG + 6904764 6904771 -270 -263

AtREG558 CCCATTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCACGTCATC + 6904775 6904784 -259 -250

AtREG419 CCACGTCA   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG483 CACGTCAT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG578   ACGTCATC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG ATCCAACG + 6904786 6904793 -248 -241

AtREG586 ATCCAACG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG TTGACTTT + 6904814 6904821 -220 -213

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG CCACGTCAGC + 6904830 6904839 -204 -195

AtREG419 CCACGTCA   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG440 CACGTCAG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG515   ACGTCAGC SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTAGGCCTTTT`		+	6904671	6904682	-363	-352
	AtREG430	`TTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATTAGGCCCACTGGCCCAGA`		+	6904732	6904751	-302	-283
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG482	`AGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG458	`TGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG397	`GGCCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`CCCATTAG`		+	6904764	6904771	-270	-263
	AtREG558	`CCCATTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCACGTCATC`		+	6904775	6904784	-259	-250
	AtREG419	`CCACGTCA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG483	`CACGTCAT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG578	`ACGTCATC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`ATCCAACG`		+	6904786	6904793	-248	-241
	AtREG586	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		+	6904814	6904821	-220	-213
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`CCACGTCAGC`		+	6904830	6904839	-204	-195
	AtREG419	`CCACGTCA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG440	`CACGTCAG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG515	`ACGTCAGC`	SA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 6904062 AT1G19880.1

TSS clone peak A clone - 6904038 AT1G19880.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	6904062	AT1G19880.1
TSS clone peak	`A`	clone	-	6904038	AT1G19880.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTCTCTTT - 6904068 6904079 AT1G19880.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTCTCTTT`	-	6904068	6904079	AT1G19880.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None