PlantPromoterDB promoter information of AT1G19990.1

Summary of Gene (AT1G19990.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G19990 TAIR NCBI
Gene model	AT1G19990.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: cultured cell; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G11600.1); Has 10416 Blast hits to 6328 proteins in 368 species: Archae - 4; Bacteria - 381; Metazoa - 4559; Fungi - 839; Plants - 384; Viruses - 34; Other Eukaryotes - 4215 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 6934327-6935526)

`Genome position from initiation codon` `AT1G19980.1 TSS from cDNA TSS information AT1G19990.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G19990.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 + 6935247 -80

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	+	6935247	-80

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 6935246 -81

TSS clone A clone + 6935249 -78

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	6935246	-81
TSS clone	`A`	clone	+	6935249	-78

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCTCTT + 6935209 6935217 -118 -110

Y Patch TTCTCTTCTC + 6935259 6935268 -68 -59

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCTCTT`	+	6935209	6935217	-118	-110
Y Patch	`TTCTCTTCTC`	+	6935259	6935268	-68	-59
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTAACCGGTTT + 6935120 6935131 -207 -196

AtREG645 TTTAACCG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501 TTAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG503   TAACCGGT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG436     ACCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTAAACCG + 6935137 6935144 -190 -183

AtREG473 TTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GTCCGGTTCA + 6935155 6935164 -172 -163

AtREG573 GTCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579 TCCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480   CCGGTTCA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TAAACGACGCCGT + 6935189 6935201 -138 -126

AtREG565 TAAACGAC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG439   AACGACGC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG537    ACGACGCC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG540      GACGCCGT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTAACCGGTTT`		+	6935120	6935131	-207	-196
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`TTAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG503	`TAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG436	`ACCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTAAACCG`		+	6935137	6935144	-190	-183
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GTCCGGTTCA`		+	6935155	6935164	-172	-163
	AtREG573	`GTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`TCCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`CCGGTTCA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TAAACGACGCCGT`		+	6935189	6935201	-138	-126
	AtREG565	`TAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG439	`AACGACGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG537	`ACGACGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG540	`GACGCCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None