PlantPromoterDB promoter information of AT1G20580.1

Summary of Gene (AT1G20580.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G20580 TAIR NCBI
Gene model	AT1G20580.1
Description	small nuclear ribonucleoprotein, putative / snRNP, putative / Sm protein, putative; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; LOCATED IN: nucleolus, small nucleolar ribonucleoprotein complex, nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Like-Sm ribonucleoprotein, core (InterPro:IPR001163), Like-Sm ribonucleoprotein, eukaryotic and archaea-type, core (InterPro:IPR006649), Like-Sm ribonucleoprotein-related, core (InterPro:IPR010920); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SmD3 (snRNP core protein SmD3) (TAIR:AT1G76300.1); Has 893 Blast hits to 893 proteins in 169 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 391; Fungi - 219; Plants - 128; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 155 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 7127979-7129178)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G20580.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G20575.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G20580.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 7128889 -90

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	7128889	-90

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 7128888 -91

TSS clone A clone + 7128889 -90

TSS clone T clone + 7128891 -88

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	7128888	-91
TSS clone	`A`	clone	+	7128889	-90
TSS clone	`T`	clone	+	7128891	-88

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCTTTCCT + 7128894 7128905 -85 -74

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCTTTCCT`	+	7128894	7128905	-85	-74
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AATTGGGCCTAAT + 7128800 7128812 -179 -167

AtREG418 AATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506      GGCCTAAT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATATGGGCCTATATAAAGCCCAAAA + 7128817 7128841 -162 -138

AtREG432 ATATGGGC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG362     GGGCCTAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG487      GGCCTATA             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG601             ATAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365              TAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376               AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407                AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469                 AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529                  GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AATTGGGCCTAAT`		+	7128800	7128812	-179	-167
	AtREG418	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATATGGGCCTATATAAAGCCCAAAA`		+	7128817	7128841	-162	-138
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG362	`GGGCCTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG487	`GGCCTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 7128700 AT1G20575.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	7128700	AT1G20575.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 7128744 AT1G20575.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	7128744	AT1G20575.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATTAGGCCCAATT - 7128800 7128812 AT1G20575.1

AtREG506 ATTAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352     GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418      GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTTTGGGCTTTATATAGGCCCATAT - 7128817 7128841 AT1G20575.1

AtREG529 TTTTGGGC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG601      GGCTTTAT             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG487             TATAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362              ATAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358               TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354                AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364                 GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432                  GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif