PlantPromoterDB promoter information of AT1G20760.1

Summary of Gene (AT1G20760.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G20760 TAIR NCBI
Gene model	AT1G20760.1
Description	calcium-binding EF hand family protein; FUNCTIONS IN: calcium ion binding; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EPS15 homology (EH) (InterPro:IPR000261), EF-Hand type (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calcium-binding EF hand family protein (TAIR:AT1G21630.1); Has 10692 Blast hits to 4147 proteins in 323 species: Archae - 12; Bacteria - 3271; Metazoa - 3323; Fungi - 1334; Plants - 262; Viruses - 16; Other Eukaryotes - 2474 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 7208515-7209714)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G20760.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G20750.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G20760.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 + 7209400 -115

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	+	7209400	-115

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 7209374 -141

TSS clone A clone + 7209392 -123

TSS clone A clone + 7209400 -115

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	7209374	-141
TSS clone	`A`	clone	+	7209392	-123
TSS clone	`A`	clone	+	7209400	-115

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAACGACGT + 7209160 7209169 -355 -346

AtREG520 AAAACGAC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493   AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG AGTGGGCTTATAAAAGCCCATTTA + 7209230 7209253 -285 -262

AtREG510 AGTGGGCT                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518 GTGGGCTT                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426   TGGGCTTA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462    GGGCTTAT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549           TAAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409            AAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376             AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378              AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372               AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386                GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443                 CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTAGGCCTATAAAGGCCCATTTA + 7209280 7209303 -235 -212

AtREG506 ATTAGGCC                 PPDB Motif PLACE Motif

AtREG649    AGGCCTAT              PPDB Motif PLACE Motif

AtREG487     GGCCTATA             PPDB Motif PLACE Motif

AtREG467           TAAAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359            AAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353             AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354              AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361               GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386                GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443                 CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAACGACGT`		+	7209160	7209169	-355	-346
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`AGTGGGCTTATAAAAGCCCATTTA`		+	7209230	7209253	-285	-262
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTAGGCCTATAAAGGCCCATTTA`		+	7209280	7209303	-235	-212
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG649	`AGGCCTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG487	`GGCCTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None