PlantPromoterDB promoter information of AT1G20780.1

Summary of Gene (AT1G20780.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G20780 TAIR NCBI
Gene model	AT1G20780.1
Description	Encodes a protein containing a U-box and an ARM domain.

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 7216812-7218011)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G20780.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G20780.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 + 7217130 -682

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	+	7217130	-682

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 7217126 -686

TSS clone T clone + 7217127 -685

TSS clone T clone + 7217129 -683

TSS clone T clone + 7217132 -680

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	7217126	-686
TSS clone	`T`	clone	+	7217127	-685
TSS clone	`T`	clone	+	7217129	-683
TSS clone	`T`	clone	+	7217132	-680

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTCTCT + 7217119 7217129 -693 -683

Y Patch TTCCTCTC + 7217135 7217142 -677 -670

Y Patch TCTCTCTC + 7217154 7217161 -658 -651

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTCTCT`	+	7217119	7217129	-693	-683
Y Patch	`TTCCTCTC`	+	7217135	7217142	-677	-670
Y Patch	`TCTCTCTC`	+	7217154	7217161	-658	-651
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAAGGCCCATTAA + 7216868 7216881 -944 -931

AtREG467 TAAAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396       CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG AATAGCCC + 7216886 7216893 -926 -919

AtREG584 AATAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTCGGGTCAAACCGGTTAT + 7216913 7216931 -899 -881

AtREG597 TTCGGGTC            PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG617 TCGGGTCA           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG592    GGGTCAAA         PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

AtREG496        CAAACCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436         AAACCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG503           ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG548            CCGGTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAAGGCCCATTAA`		+	7216868	7216881	-944	-931
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`AATAGCCC`		+	7216886	7216893	-926	-919
	AtREG584	`AATAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTCGGGTCAAACCGGTTAT`		+	7216913	7216931	-899	-881
	AtREG597	`TTCGGGTC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG617	`TCGGGTCA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG592	`GGGTCAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
	AtREG496	`CAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG548	`CCGGTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTAATGGGCCTTTA - 7216868 7216881 AT1G20770.1

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359      GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467       GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG GGGCTATT - 7216886 7216893 AT1G20770.1

AtREG584 GGGCTATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAACCGGTTTGACCCGAA - 7216913 7216931 AT1G20770.1

AtREG548 ATAACCGG            PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG503 TAACCGGT           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG436    ACCGGTTT         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496     CCGGTTTG        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG592         TTTGACCC    PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

AtREG617           TGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG597            GACCCGAA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif