PlantPromoterDB promoter information of AT1G21100

Summary of Gene (AT1G21100)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G21100 TAIR NCBI
Gene model	AT1G21100
Description	O-methyltransferase, putative; FUNCTIONS IN: methyltransferase activity, O-methyltransferase activity, protein dimerization activity; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: stem, cotyledon, hypocotyl, root, leaf; EXPRESSED DURING: LP.04 four leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Plant methyltransferase dimerisation (InterPro:IPR012967), O-methyltransferase, family 2 (InterPro:IPR001077), O-methyltransferase, COMT, eukaryota (InterPro:IPR016461); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: O-methyltransferase, putative (TAIR:AT1G21130.1); Has 2126 Blast hits to 2123 proteins in 426 species: Archae - 0; Bacteria - 600; Metazoa - 84; Fungi - 432; Plants - 916; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 94 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 7389318-7388119)

`Genome position from initiation codon` `AT1G21100.1 TSS from cDNA TSS information AT1G21100 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G21100

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 - 7388418 -100

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	-	7388418	-100

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GGCTATAAAAC - 7388453 7388463 -135 -145

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GGCTATAAAAC`	-	7388453	7388463	-135	-145
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGAGGCCCATTAG - 7388515 7388527 -197 -209

AtREG411 AGAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG447 GAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG558      CCCATTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAACGACGT - 7388612 7388620 -294 -302

AtREG415 AAACGACG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG493 AACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TTGACTTT - 7388643 7388650 -325 -332

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGAGGCCCATTAG`		-	7388515	7388527	-197	-209
	AtREG411	`AGAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG447	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG558	`CCCATTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAACGACGT`		-	7388612	7388620	-294	-302
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG493	`AACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TTGACTTT`		-	7388643	7388650	-325	-332
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None