PlantPromoterDB promoter information of AT1G21190.1

Summary of Gene (AT1G21190.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G21190 TAIR NCBI
Gene model	AT1G21190.1
Description	small nuclear ribonucleoprotein, putative / snRNP, putative / Sm protein, putative; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: small nucleolar ribonucleoprotein complex, nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Like-Sm ribonucleoprotein, core (InterPro:IPR001163), Like-Sm ribonucleoprotein, eukaryotic and archaea-type, core (InterPro:IPR006649), Like-Sm ribonucleoprotein-related, core (InterPro:IPR010920); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: small nuclear ribonucleoprotein, putative / snRNP, putative / Sm protein, putative (TAIR:AT1G76860.1); Has 924 Blast hits to 924 proteins in 209 species: Archae - 244; Bacteria - 0; Metazoa - 275; Fungi - 141; Plants - 102; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 162 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 7421856-7420657)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G21190.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G21200.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G21190.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 18 - 7420861 -5

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	18	-	7420861	-5

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 7420895 -39

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	7420895	-39

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAAGGCC - 7420981 7420988 -125 -132

AtREG459 AAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG GAGCCCAAAA - 7420996 7421005 -140 -149

AtREG533 GAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469 AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529   GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATATTGGGCCGAT - 7421010 7421022 -154 -166

AtREG509 ATATTGGG      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414    TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393     TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555      GGGCCGAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAAGGCC`		-	7420981	7420988	-125	-132
	AtREG459	`AAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GAGCCCAAAA`		-	7420996	7421005	-140	-149
	AtREG533	`GAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATATTGGGCCGAT`		-	7421010	7421022	-154	-166
	AtREG509	`ATATTGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG555	`GGGCCGAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 7421221 AT1G21200.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	7421221	AT1G21200.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGCCTTTT + 7420981 7420988 AT1G21200.1

AtREG459 GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TTTTGGGCTC + 7420996 7421005 AT1G21200.1

AtREG529 TTTTGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533   TTGGGCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATCGGCCCAATAT + 7421010 7421022 AT1G21200.1

AtREG555 ATCGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393 TCGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414   CGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352    GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355     GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509      CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif