PlantPromoterDB promoter information of AT1G21280.1

Summary of Gene (AT1G21280.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G21280 TAIR NCBI
Gene model	AT1G21280.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; Has 594 Blast hits to 592 proteins in 21 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 4; Fungi - 0; Plants - 590; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 7449403-7448204)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G21280.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G21281.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G21280.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 - 7448464 -61

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	-	7448464	-61

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAAGGCCCATTAAGCCCAACT - 7448541 7448561 -138 -158

AtREG398 CAAGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353 AAGGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396      CCCATTAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG604       CCATTAAG        PPDB Motif PLACE Motif TTAATGG

AtREG426           TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407            AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG574             AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG607              GCCCAACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTTGGGCT - 7448576 7448583 -173 -180

AtREG469 TTTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTAATGGG - 7448602 7448609 -199 -206

AtREG396 TTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAAGGCCCATTAAGCCCAACT`		-	7448541	7448561	-138	-158
	AtREG398	`CAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG604	`CCATTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG574	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG607	`GCCCAACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTTGGGCT`		-	7448576	7448583	-173	-180
	AtREG469	`TTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TTAATGGG`		-	7448602	7448609	-199	-206
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None