version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G21560.1

Summary of Gene (AT1G21560.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G21560  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G21560.1  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G01170.1); Has 40 Blast hits to 40 proteins in 7 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 36; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 7554430-7555629)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G21560.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G21560.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakTclone+7554841-589

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTGAGCCCAATT+75546907554700-740-730
 AtREG485TGAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG533 GAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402  AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG418   GCCCAATT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAGTTGGGCCTTAT+75547067554718-724-712
 AtREG607AGTTGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG449 GTTGGGCC     PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  TTGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353   TGGGCCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG351    GGGCCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG425     GGCCTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTATGGGCCTGA+75547227554733-708-697
 AtREG394TTATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG364 TATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354  ATGGGCCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG370   TGGGCCTG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG374    GGGCCTGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.