version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G21700.1

Summary of Gene (AT1G21700.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G21700  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G21700.1  
Description a member of the Arabidopsis SWI3 gene family. Protein physically interacts with ATSWI3B and ATSWI3A, the other two members of the SWI3 family. Homologous to yeast SWI3 & RSC8, components of the SWI/SNF and RSC chromatin remodeling complexes. Referred to as CHB3 in Zhou et al (2003).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 7624978-7623779)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G21700.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence






 
AT1G21710.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G21700.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2-7624135-157
TSS peakA2-7624124-146

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxAATATATAGAG-76241567624166-178-188
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGACTTTAACCG-76242657624277-287-299
 AtREG632TTGACTTT      PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
 AtREG645     TTTAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGAAACCGAA-76242847624291-306-313
 AtREG568AAACCGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTCGGTTT-76243157624322-337-344
 AtREG568TTCGGTTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAACCGAAC-76243347624341-356-363
 AtREG556AACCGAAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTAAACCGGTTTAA-76243597624372-381-394
 AtREG436  AAACCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG473TTAAACCGGTTTAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG4+7624411AT1G21710.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCGGTTAAAGTCAA+76242657624277AT1G21710.1
 AtREG645CGGTTAAA      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG632     AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGTTCGGTTT+76242847624291AT1G21710.1
 AtREG568TTCGGTTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGAAACCGAA+76243157624322AT1G21710.1
 AtREG568AAACCGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGGTTCGGTT+76243347624341AT1G21710.1
 AtREG556GTTCGGTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTAAACCGGTTT+76243597624370AT1G21710.1
 AtREG473TTAAACCG     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG436  AAACCGGTTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.