version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G23890.1

Summary of Gene (AT1G23890.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G23890  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G23890.1  
Description NHL repeat-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NHL repeat, subgroup (InterPro:IPR013017), NHL repeat (InterPro:IPR001258), Six-bladed beta-propeller, TolB-like (InterPro:IPR011042); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NHL repeat-containing protein (TAIR:AT3G14860.2); Has 1921 Blast hits to 831 proteins in 148 species: Archae - 109; Bacteria - 916; Metazoa - 129; Fungi - 0; Plants - 86; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 681 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8441803-8440604)

Genome position     
from initiation codon
AT1G23890.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G23890.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence











 
AT1G23900.1         
AT1G23900.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence











 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G23890.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-8440866-63
TSS clone peakAclone-8440848-45
TSS cloneCclone-8440824-21

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTCCTCT-84408148440824-11-21
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTCAGGCCC-84409018440908-98-105
 AtREG374TCAGGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGTAAATGGGCCCTACTTGGGCCGTTTT-84410018441026-198-223
 AtREG443TAAATGGG                   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG386 AAATGGGC                  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361  AATGGGCC                 PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG391   ATGGGCCC                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG400    TGGGCCCT               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG387     GGGCCCTA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG505             CTTGGGCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414              TTGGGCCG     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG368               TGGGCCGT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG377                GGGCCGTT   PPDB MotifGCCCA, AAACG(C/G)  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG531                  GCCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGACTGGGCCGTT-84410458441055-242-252
 AtREG384ACTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG368  TGGGCCGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG377   GGGCCGTT PPDB MotifGCCCA, AAACG(C/G)  PLACE MotifGGGCC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA13+8441150AT1G23900.1, AT1G23900.2
TSS peakC2+8441286AT1G23900.1, AT1G23900.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+8441146AT1G23900.1, AT1G23900.2
TSS cloneAclone+8441167AT1G23900.1, AT1G23900.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTTCTTCC+84412918441300AT1G23900.1, AT1G23900.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGGGCCTGA+84409018440908AT1G23900.1, AT1G23900.2
 AtREG374GGGCCTGA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGAAAACGGCCCAAGTAGGGCCCATTTA+84410018441026AT1G23900.1, AT1G23900.2
 AtREG531AAAACGGC                   PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG377  AACGGCCC                 PPDB MotifGCCCA, AAACG(C/G)  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG368   ACGGCCCA                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414    CGGCCCAA               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG505     GGCCCAAG              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG387             TAGGGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG400              AGGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG391               GGGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG361                GGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG386                 GCCCATTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG443                  CCCATTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAACGGCCCAGT+84410458441055AT1G23900.1, AT1G23900.2
 AtREG377AACGGCCC    PPDB MotifGCCCA, AAACG(C/G)  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG368 ACGGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG384   GGCCCAGT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.