PlantPromoterDB promoter information of AT1G23900.2

Summary of Gene (AT1G23900.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G23900 TAIR NCBI
Gene model	AT1G23900.2
Description	Encodes large subunit of the heterotetrameric adaptor protein complex AP-1. AP-1 is required for clathrin coated vesicles budding from the trans-Golgi network or plasma membrane

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8440379-8441578)

`Genome position from initiation codon` `AT1G23900.1 TSS from cDNA TSS information AT1G23900.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G23890.1 AT1G23890.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G23900.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 8441150 -229

TSS peak C 2 + 8441286 -93

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	8441150	-229
TSS peak	`C`	2	+	8441286	-93

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 8441146 -233

TSS clone A clone + 8441167 -212

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	8441146	-233
TSS clone	`A`	clone	+	8441167	-212

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCTTCC + 8441291 8441300 -88 -79

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCTTCC`	+	8441291	8441300	-88	-79
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGCCTGA + 8440901 8440908 -478 -471

AtREG374 GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG AAAACGGCCCAAGTAGGGCCCATTTA + 8441001 8441026 -378 -353

AtREG531 AAAACGGC                   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG377   AACGGCCC                 PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

AtREG368    ACGGCCCA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414     CGGCCCAA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG505      GGCCCAAG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG387              TAGGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG400               AGGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391                GGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361                 GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386                  GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443                   CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AACGGCCCAGT + 8441045 8441055 -334 -324

AtREG377 AACGGCCC    PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

AtREG368 ACGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG384    GGCCCAGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGCCTGA`		+	8440901	8440908	-478	-471
	AtREG374	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`AAAACGGCCCAAGTAGGGCCCATTTA`		+	8441001	8441026	-378	-353
	AtREG531	`AAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG377	`AACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG505	`GGCCCAAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG387	`TAGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG400	`AGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`GGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AACGGCCCAGT`		+	8441045	8441055	-334	-324
	AtREG377	`AACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG384	`GGCCCAGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 8440866 AT1G23890.2, AT1G23890.1

TSS clone peak A clone - 8440848 AT1G23890.2, AT1G23890.1

TSS clone C clone - 8440824 AT1G23890.2, AT1G23890.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	8440866	AT1G23890.2, AT1G23890.1
TSS clone peak	`A`	clone	-	8440848	AT1G23890.2, AT1G23890.1
TSS clone	`C`	clone	-	8440824	AT1G23890.2, AT1G23890.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTCCTCT - 8440814 8440824 AT1G23890.1, AT1G23890.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTCCTCT`	-	8440814	8440824	AT1G23890.1, AT1G23890.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCAGGCCC - 8440901 8440908 AT1G23890.1, AT1G23890.2

AtREG374 TCAGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TAAATGGGCCCTACTTGGGCCGTTTT - 8441001 8441026 AT1G23890.1, AT1G23890.2

AtREG443 TAAATGGG                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391    ATGGGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG400     TGGGCCCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG387      GGGCCCTA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG505              CTTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414               TTGGGCCG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368                TGGGCCGT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG377                 GGGCCGTT   PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

AtREG531                   GCCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG ACTGGGCCGTT - 8441045 8441055 AT1G23890.1, AT1G23890.2

AtREG384 ACTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368   TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG377    GGGCCGTT PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC