PlantPromoterDB promoter information of AT1G24020

Summary of Gene (AT1G24020)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G24020 TAIR NCBI
Gene model	AT1G24020
Description	MLP-LIKE PROTEIN 423 (MLP423); INVOLVED IN: response to biotic stimulus, defense response; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bet v I allergen (InterPro:IPR000916); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MLP34 (MLP-LIKE PROTEIN 34) (TAIR:AT1G70850.3); Has 930 Blast hits to 901 proteins in 105 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 922; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8508108-8506909)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G24020 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G24050.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G24020

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 8501513 -55

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	8501513	-55

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 8501516 -58

TSS clone A clone - 8501510 -52

TSS clone A clone - 8501506 -48

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	8501516	-58
TSS clone	`A`	clone	-	8501510	-52
TSS clone	`A`	clone	-	8501506	-48

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTCTATATATAGA - 8501538 8501551 -80 -93

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTCTATATATAGA`	-	8501538	8501551	-80	-93
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCTTTAA - 8501556 8501563 -98 -105

AtREG545 GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCTTTAA`		-	8501556	8501563	-98	-105
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 20 + 8507020 AT1G24050.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	20	+	8507020	AT1G24050.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 8507020 AT1G24050.1

TSS clone A clone + 8507021 AT1G24050.1

TSS clone G clone + 8507027 AT1G24050.1

TSS clone G clone + 8507033 AT1G24050.1

TSS clone G clone + 8507034 AT1G24050.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	8507020	AT1G24050.1
TSS clone	`A`	clone	+	8507021	AT1G24050.1
TSS clone	`G`	clone	+	8507027	AT1G24050.1
TSS clone	`G`	clone	+	8507033	AT1G24050.1
TSS clone	`G`	clone	+	8507034	AT1G24050.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATATATATAGT + 8506987 8506997 AT1G24050.1

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATATATATAGT`	+	8506987	8506997	AT1G24050.1
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TATATGGGCCATAAGGGCCCA - 8506902 8506922 AT1G24040.1, AT1G24040.2

AtREG620 TATATGGG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490    ATGGGCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG437     TGGGCCAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG479      GGGCCATA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG616           ATAAGGGC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG400              AGGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ATATGGGCCTTAAGCCCAAAT - 8506962 8506982 AT1G24040.1, AT1G24040.2

AtREG432 ATATGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351     GGGCCTTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416      GGCCTTAA         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG426           TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407            AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469             AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421              GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGGGCCCTTATGGCCCATATA + 8506902 8506922 AT1G24050.1

AtREG400 TGGGCCCT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG616    GCCCTTAT           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG479         TATGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG437          ATGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490           TGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364            GGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432             GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620              CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCTTAAGGCCCA + 8506962 8506979 AT1G24050.1

AtREG421 ATTTGGGC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG416         TTAAGGCC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351          TAAGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353           AAGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY