PlantPromoterDB promoter information of AT1G24520

Summary of Gene (AT1G24520)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G24520 TAIR NCBI
Gene model	AT1G24520
Description	Male fertility gene acting on tapetum and microspore

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8687699-8688898)

`Genome position from initiation codon` `AT1G24520.1 TSS from cDNA TSS information AT1G24520 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G24510.1 AT1G24510.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G24520

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 8688629 -70

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	8688629	-70

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ACTATATATACA + 8688594 8688605 -105 -94

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ACTATATATACA`	+	8688594	8688605	-105	-94
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAAGCCCATCT + 8688332 8688344 -367 -355

AtREG545 TTAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG572      GCCCATCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAAGCCCATCT`		+	8688332	8688344	-367	-355
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG572	`GCCCATCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 - 8688214 AT1G24510.1, AT1G24510.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	-	8688214	AT1G24510.1, AT1G24510.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 8688213 AT1G24510.1, AT1G24510.2

TSS clone C clone - 8688201 AT1G24510.1, AT1G24510.2

TSS clone T clone - 8688200 AT1G24510.1, AT1G24510.2

TSS clone C clone - 8688159 AT1G24510.1, AT1G24510.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	8688213	AT1G24510.1, AT1G24510.2
TSS clone	`C`	clone	-	8688201	AT1G24510.1, AT1G24510.2
TSS clone	`T`	clone	-	8688200	AT1G24510.1, AT1G24510.2
TSS clone	`C`	clone	-	8688159	AT1G24510.1, AT1G24510.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCCTCTCC - 8688166 8688174 AT1G24510.1, AT1G24510.2

Y Patch TTCTTCTTCTC - 8688203 8688213 AT1G24510.1, AT1G24510.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCCTCTCC`	-	8688166	8688174	AT1G24510.1, AT1G24510.2
Y Patch	`TTCTTCTTCTC`	-	8688203	8688213	AT1G24510.1, AT1G24510.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTTAGGCCCATG - 8688299 8688310 AT1G24510.1, AT1G24510.2

AtREG535 GTTAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504     GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ATAAGCCCAAAC - 8688316 8688327 AT1G24510.1, AT1G24510.2

AtREG462 ATAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469    AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG474     GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGATGGGCTTTAA - 8688332 8688344 AT1G24510.1, AT1G24510.2

AtREG572 AGATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG378   ATGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545      GGCTTTAA PPDB Motif PLACE Motif