PlantPromoterDB promoter information of AT1G24800.1

Summary of Gene (AT1G24800.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G24800 TAIR NCBI
Gene model	AT1G24800.1
Description	CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin-like F-box (InterPro:IPR001810), F-box associated (InterPro:IPR006527), F-box associated type 1 (InterPro:IPR017451); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G25211.1); Has 745 Blast hits to 722 proteins in 30 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 743; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8766691-8767890)

`Genome position from initiation codon` `AT1G24792.1 AT1G24793.1 AT1G24793.2 TSS from cDNA TSS information AT1G24800.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G24800.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 8769680 -61

TSS clone C clone + 8769690 -51

TSS clone G clone + 8769699 -42

TSS clone peak A clone + 8769700 -41

TSS clone T clone + 8769720 -21

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	8769680	-61
TSS clone	`C`	clone	+	8769690	-51
TSS clone	`G`	clone	+	8769699	-42
TSS clone peak	`A`	clone	+	8769700	-41
TSS clone	`T`	clone	+	8769720	-21

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATTATAA + 8769643 8769650 -98 -91

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATTATAA`	+	8769643	8769650	-98	-91
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTAACCG + 8769393 8769400 -348 -341

AtREG645 TTTAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTAACCG`		+	8769393	8769400	-348	-341
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone + 8767564 AT1G24793.1, AT1G24793.2

TSS clone peak G clone + 8767569 AT1G24793.1, AT1G24793.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	8767564	AT1G24793.1, AT1G24793.2
TSS clone peak	`G`	clone	+	8767569	AT1G24793.1, AT1G24793.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CAATTGGG + 8767441 8767448 AT1G24793.1, AT1G24793.2

AtREG647 CAATTGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG TTCCGGTTTAC + 8767473 8767483 AT1G24793.1, AT1G24793.2

AtREG534 TTCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412   CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG519    CGGTTTAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTCCGGTTTAG + 8767505 8767515 AT1G24793.1, AT1G24793.2

AtREG534 TTCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412   CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511    CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif