PlantPromoterDB promoter information of AT1G25210.1

Summary of Gene (AT1G25210.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G25210 TAIR NCBI
Gene model	AT1G25210.1
Description	UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase; FUNCTIONS IN: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity; INVOLVED IN: lipid A biosynthetic process; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal (InterPro:IPR015870), UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase (InterPro:IPR004463), UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal (InterPro:IPR011334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase (TAIR:AT1G25054.2); Has 4068 Blast hits to 4068 proteins in 841 species: Archae - 0; Bacteria - 1767; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 33; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2268 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8839395-8840594)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G25210.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G25220.1 AT1G25230.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G25210.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 8833228 -17

TSS clone peak G clone + 8833233 -12

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	8833228	-17
TSS clone peak	`G`	clone	+	8833233	-12

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 23 - 8839500 AT1G25220.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	23	-	8839500	AT1G25220.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 8839500 AT1G25220.1

TSS clone G clone - 8839499 AT1G25220.1

TSS clone C clone - 8839489 AT1G25220.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	8839500	AT1G25220.1
TSS clone	`G`	clone	-	8839499	AT1G25220.1
TSS clone	`C`	clone	-	8839489	AT1G25220.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTATAAACT - 8839522 8839531 AT1G25220.1

Y Patch TCCTCTCTTT - 8839513 8839522 AT1G25220.1

Y Patch TCTCTCTCTCTC - 8839539 8839550 AT1G25220.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTATAAACT`	-	8839522	8839531	AT1G25220.1
Y Patch	`TCCTCTCTTT`	-	8839513	8839522	AT1G25220.1
Y Patch	`TCTCTCTCTCTC`	-	8839539	8839550	AT1G25220.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CAAAACGC - 8839578 8839585 AT1G25220.1

AtREG585 CAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

REG CACGTGGT - 8839596 8839603 AT1G25220.1

AtREG544 CACGTGGT ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG TTGACTTT - 8839664 8839671 AT1G25220.1

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC