PlantPromoterDB promoter information of AT1G25211.1

Summary of Gene (AT1G25211.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G25211 TAIR NCBI
Gene model	AT1G25211.1
Description	CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin-like F-box (InterPro:IPR001810), F-box associated (InterPro:IPR006527), F-box associated type 1 (InterPro:IPR017451); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT1G25055.1); Has 745 Blast hits to 722 proteins in 30 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 743; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8854905-8856104)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G25211.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G25260.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G25211.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 8835323 -82

TSS clone peak A clone + 8835344 -61

TSS clone G clone + 8835363 -42

TSS clone A clone + 8835364 -41

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	8835323	-82
TSS clone peak	`A`	clone	+	8835344	-61
TSS clone	`G`	clone	+	8835363	-42
TSS clone	`A`	clone	+	8835364	-41

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTAACCG + 8835057 8835064 -348 -341

AtREG645 TTTAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTAACCG`		+	8835057	8835064	-348	-341
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 21 - 8855855 AT1G25260.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	21	-	8855855	AT1G25260.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 8855872 AT1G25260.1

TSS clone T clone - 8855861 AT1G25260.1

TSS clone C clone - 8855858 AT1G25260.1

TSS clone T clone - 8855856 AT1G25260.1

TSS clone G clone - 8855845 AT1G25260.1

TSS clone A clone - 8855844 AT1G25260.1

TSS clone A clone - 8855843 AT1G25260.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	8855872	AT1G25260.1
TSS clone	`T`	clone	-	8855861	AT1G25260.1
TSS clone	`C`	clone	-	8855858	AT1G25260.1
TSS clone	`T`	clone	-	8855856	AT1G25260.1
TSS clone	`G`	clone	-	8855845	AT1G25260.1
TSS clone	`A`	clone	-	8855844	AT1G25260.1
TSS clone	`A`	clone	-	8855843	AT1G25260.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCTTC - 8855811 8855818 AT1G25260.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCTTC`	-	8855811	8855818	AT1G25260.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AACGGGCC - 8855939 8855946 AT1G25260.1

AtREG401 AACGGGCC PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

REG AAAAGGCC - 8855950 8855957 AT1G25260.1

AtREG459 AAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG ATCGGCCCAGA - 8855970 8855980 AT1G25260.1

AtREG555 ATCGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393 TCGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG397    GGCCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY