version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G25375.1

Summary of Gene (AT1G25375.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G25375  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G25375.1  
Description metallo-beta-lactamase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Beta-lactamase-like (InterPro:IPR001279); Has 3890 Blast hits to 3889 proteins in 863 species: Archae - 83; Bacteria - 2082; Metazoa - 121; Fungi - 86; Plants - 75; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1443 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8904220-8903021)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G25375.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence




 
AT1G25380.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G25375.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-8903257-37
TSS clone peakCclone-8903246-26
TSS cloneTclone-8903240-20

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACGGTTTAACCG-89033108903321-90-101
 AtREG652ACGGTTTA     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG473 CGGTTTAA    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG645    TTTAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGCTAAACCGT-89033288903336-108-116
 AtREG511CTAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCGGTATA-89033538903360-133-140
 AtREG629CCGGTATA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGGATGACGT-89034558903462-235-242
 AtREG578GATGACGTABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG2+8903450AT1G25380.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone+8903406AT1G25380.1
TSS cloneTclone+8903565AT1G25380.1
TSS cloneTclone+8903654AT1G25380.1
TSS cloneTclone+8903657AT1G25380.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTTCTTCTT+89034158903424AT1G25380.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACGTCGTC+89031718903178AT1G25380.1
 AtREG526ACGTCGTC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
REGCGGTTAAACCGT+89033108903321AT1G25380.1
 AtREG645CGGTTAAA     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
 AtREG473   TTAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG652    TAAACCGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACGGTTTAG+89033288903336AT1G25380.1
 AtREG652ACGGTTTA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG511 CGGTTTAG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTATACCGG+89033538903360AT1G25380.1
 AtREG629TATACCGG PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.