PlantPromoterDB promoter information of AT1G25380.1

Summary of Gene (AT1G25380.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G25380 TAIR NCBI
Gene model	AT1G25380.1
Description	mitochondrial substrate carrier family protein; FUNCTIONS IN: transporter activity, binding; INVOLVED IN: transport, mitochondrial transport; LOCATED IN: mitochondrial inner membrane, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mitochondrial carrier protein (InterPro:IPR002067), Mitochondrial substrate carrier (InterPro:IPR001993), Mitochondrial substrate/solute carrier (InterPro:IPR018108), Adenine nucleotide translocator 1 (InterPro:IPR002113); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mitochondrial substrate carrier family protein (TAIR:AT2G47490.1); Has 21875 Blast hits to 10577 proteins in 366 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 10770; Fungi - 5942; Plants - 2991; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 2167 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8902726-8903925)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G25380.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G25375.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G25380.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 8903450 -276

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	8903450	-276

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 8903406 -320

TSS clone T clone + 8903565 -161

TSS clone T clone + 8903654 -72

TSS clone T clone + 8903657 -69

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	8903406	-320
TSS clone	`T`	clone	+	8903565	-161
TSS clone	`T`	clone	+	8903654	-72
TSS clone	`T`	clone	+	8903657	-69

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTCTT + 8903415 8903424 -311 -302

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTCTT`	+	8903415	8903424	-311	-302
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGTCGTC + 8903171 8903178 -555 -548

AtREG526 ACGTCGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG CGGTTAAACCGT + 8903310 8903321 -416 -405

AtREG645 CGGTTAAA     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG473    TTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652     TAAACCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGGTTTAG + 8903328 8903336 -398 -390

AtREG652 ACGGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG511 CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TATACCGG + 8903353 8903360 -373 -366

AtREG629 TATACCGG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGTCGTC`		+	8903171	8903178	-555	-548
	AtREG526	`ACGTCGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`CGGTTAAACCGT`		+	8903310	8903321	-416	-405
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG652	`TAAACCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACGGTTTAG`		+	8903328	8903336	-398	-390
	AtREG652	`ACGGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TATACCGG`		+	8903353	8903360	-373	-366
	AtREG629	`TATACCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 8903257 AT1G25375.1

TSS clone peak C clone - 8903246 AT1G25375.1

TSS clone T clone - 8903240 AT1G25375.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	8903257	AT1G25375.1
TSS clone peak	`C`	clone	-	8903246	AT1G25375.1
TSS clone	`T`	clone	-	8903240	AT1G25375.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACGGTTTAACCG - 8903310 8903321 AT1G25375.1

AtREG652 ACGGTTTA     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG473 CGGTTTAA    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG645     TTTAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG CTAAACCGT - 8903328 8903336 AT1G25375.1

AtREG511 CTAAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG652 TAAACCGT PPDB Motif PLACE Motif

REG CCGGTATA - 8903353 8903360 AT1G25375.1

AtREG629 CCGGTATA PPDB Motif PLACE Motif

REG GATGACGT - 8903455 8903462 AT1G25375.1

AtREG578 GATGACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT