PlantPromoterDB promoter information of AT1G25440.1

Summary of Gene (AT1G25440.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G25440 TAIR NCBI
Gene model	AT1G25440.1
Description	zinc finger (B-box type) family protein; FUNCTIONS IN: transcription factor activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CCT domain (InterPro:IPR010402), Zinc finger, B-box (InterPro:IPR000315); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (B-box type) family protein (TAIR:AT1G68520.1); Has 2116 Blast hits to 1317 proteins in 89 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 2049; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 65 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8940334-8939135)

`Genome position from initiation codon` `AT1G25450.1 TSS from cDNA TSS information AT1G25440.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G25440.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 - 8935446 -162

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	-	8935446	-162

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 8935448 -164

TSS clone G clone - 8935447 -163

TSS clone G clone - 8935446 -162

TSS clone A clone - 8935444 -160

TSS clone G clone - 8935442 -158

TSS clone C clone - 8935441 -157

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	8935448	-164
TSS clone	`G`	clone	-	8935447	-163
TSS clone	`G`	clone	-	8935446	-162
TSS clone	`A`	clone	-	8935444	-160
TSS clone	`G`	clone	-	8935442	-158
TSS clone	`C`	clone	-	8935441	-157

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGGGTCCC - 8935519 8935526 -235 -242

AtREG615 TGGGTCCC ABA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG ATAAGGCC - 8935533 8935540 -249 -256

AtREG425 ATAAGGCC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAAACGACA - 8935637 8935645 -353 -361

AtREG520 AAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGGGTCCC`		-	8935519	8935526	-235	-242
	AtREG615	`TGGGTCCC`	ABA	PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`ATAAGGCC`		-	8935533	8935540	-249	-256
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAAACGACA`		-	8935637	8935645	-353	-361
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 8940305 AT1G25450.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	8940305	AT1G25450.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 8940309 AT1G25450.1

TSS clone A clone - 8940307 AT1G25450.1

TSS clone T clone - 8940306 AT1G25450.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	8940309	AT1G25450.1
TSS clone	`A`	clone	-	8940307	AT1G25450.1
TSS clone	`T`	clone	-	8940306	AT1G25450.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCCTC - 8940319 8940327 AT1G25450.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCCTC`	-	8940319	8940327	AT1G25450.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None