version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G25490.1

Summary of Gene (AT1G25490.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G25490  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G25490.1  
Description One of three genes encoding phosphoprotein phosphatase 2A regulatory subunit A; Recessive ethylene-response mutant EER1 displays increased ethylene sensitivity in the hypocotyl and stem  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8950700-8951899)

Genome position     
from initiation codon
AT1G25480.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT1G25490.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G25490.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4+8951218-482

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone+8951202-498
TSS cloneAclone+8951220-480
TSS cloneGclone+8951221-479

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTTTCTC+89512488951257-452-443
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTAAAGCCCAACA+89511088951120-592-580
 AtREG545TTAAAGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365 TAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376  AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407   AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG574    AGCCCAAC  PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG543     GCCCAACA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifCAACA 
REGAAAGCCCAAAATGGCCCAATTA+89511368951157-564-543
 AtREG376AAAGCCCA               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407 AAGCCCAA              PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469  AGCCCAAA             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG529   GCCCAAAA            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG437          ATGGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG420           TGGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352            GGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG418             GCCCAATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG600              CCCAATTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGTCATTT+89511668951173-534-527
 AtREG657CGTCATTT PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.