version
PlantPromoterDB promoter information of AT1G25550

Summary of Gene (AT1G25550)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 1  
Locus AT1G25550  TAIR      NCBI 
Gene model AT1G25550  
Description myb family transcription factor; FUNCTIONS IN: transcription factor activity, DNA binding; INVOLVED IN: regulation of transcription; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Myb-type HTH DNA-binding domain (InterPro:IPR017930), Myb-like DNA-binding region, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myb family transcription factor (TAIR:AT1G68670.1); Has 883 Blast hits to 881 proteins in 40 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 869; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 13 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 8980494-8981693)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT1G25550                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT1G25560.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G25550

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA10+8976538-106

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+8976538-106
TSS cloneTclone+8976539-105
TSS cloneTclone+8976553-91

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTTTCTCT+89764898976499-155-145
Y PatchCTTTCTCTCTCAT+89765418976553-103-91
Y PatchCTCTTCTCT+89765678976575-77-69
Y PatchTCTCTCTC+89765778976584-67-60
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTCGTCGTT+89762538976260-391-384
 AtREG648TCGTCGTT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTCGGTTT+89764448976451-200-193
 AtREG568TTCGGTTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.