PlantPromoterDB promoter information of AT1G26540

Summary of Gene (AT1G26540)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G26540 TAIR NCBI
Gene model	AT1G26540
Description	agenet domain-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tudor-like, plant (InterPro:IPR014002), Agenet (InterPro:IPR008395), Protein of unknown function DUF724 (InterPro:IPR007930); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: agenet domain-containing protein (TAIR:AT2G47230.1); Has 651 Blast hits to 562 proteins in 98 species: Archae - 0; Bacteria - 24; Metazoa - 210; Fungi - 27; Plants - 225; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 162 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 9171795-9170596)

`Genome position from initiation codon` `AT1G26540.1 TSS from cDNA TSS information AT1G26540 5'->3' (-) Promoter sequence AT1G26550.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G26540

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 9170934 -139

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	9170934	-139

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTTGGGCTATTAGGCCCAATAAG - 9171041 9171063 -246 -268

AtREG574 GTTGGGCT                PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG584    GGGCTATT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG506         ATTAGGCC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360          TTAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358           TAGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356            AGGCCCAA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352             GGCCCAAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355              GCCCAATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417               CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611                CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG ATATGGGCTTG - 9171074 9171084 -279 -289

AtREG432 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTTGGGCTATTAGGCCCAATAAG`		-	9171041	9171063	-246	-268
	AtREG574	`GTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG584	`GGGCTATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATATGGGCTTG`		-	9171074	9171084	-279	-289
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG477	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG525	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 21 + 9171132 AT1G26550.1

TSS peak G 21 + 9171167 AT1G26550.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	21	+	9171132	AT1G26550.1
TSS peak	`G`	21	+	9171167	AT1G26550.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 9171136 AT1G26550.1

TSS clone T clone + 9171152 AT1G26550.1

TSS clone A clone + 9171180 AT1G26550.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	9171136	AT1G26550.1
TSS clone	`T`	clone	+	9171152	AT1G26550.1
TSS clone	`A`	clone	+	9171180	AT1G26550.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTTTCTCTCTCTC + 9171142 9171159 AT1G26550.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTTTCTCTCTCTC`	+	9171142	9171159	AT1G26550.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTTATTGGGCCTAATAGCCCAAC + 9171041 9171063 AT1G26550.1

AtREG611 CTTATTGG                PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417 TTATTGGG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355   TATTGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352    ATTGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356     TTGGGCCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358      TGGGCCTA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360       GGGCCTAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506        GGCCTAAT         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG584             AATAGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG574                AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

REG CAAGCCCATAT + 9171074 9171084 AT1G26550.1

AtREG525 CAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif