PlantPromoterDB promoter information of AT1G26550.1

Summary of Gene (AT1G26550.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	1
Locus	AT1G26550 TAIR NCBI
Gene model	AT1G26550.1
Description	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase PPIC-type family protein; FUNCTIONS IN: isomerase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type (InterPro:IPR000297); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PIN1AT (PEPTIDYLPROLYL CIS/TRANS ISOMERASE, NIMA-INTERACTING 1); peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (TAIR:AT2G18040.1); Has 4470 Blast hits to 4300 proteins in 976 species: Archae - 12; Bacteria - 3095; Metazoa - 206; Fungi - 127; Plants - 110; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 920 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 9170800-9171999)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT1G26550.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT1G26540.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT1G26550.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 21 + 9171132 -668

TSS peak G 21 + 9171167 -633

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	21	+	9171132	-668
TSS peak	`G`	21	+	9171167	-633

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 9171136 -664

TSS clone T clone + 9171152 -648

TSS clone A clone + 9171180 -620

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	9171136	-664
TSS clone	`T`	clone	+	9171152	-648
TSS clone	`A`	clone	+	9171180	-620

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCTTTCTCTCTCTC + 9171142 9171159 -658 -641

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCTTTCTCTCTCTC`	+	9171142	9171159	-658	-641
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTTATTGGGCCTAATAGCCCAAC + 9171041 9171063 -759 -737

AtREG611 CTTATTGG                PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417 TTATTGGG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355   TATTGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352    ATTGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356     TTGGGCCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358      TGGGCCTA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360       GGGCCTAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506        GGCCTAAT         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG584             AATAGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG574                AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

REG CAAGCCCATAT + 9171074 9171084 -726 -716

AtREG525 CAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTTATTGGGCCTAATAGCCCAAC`		+	9171041	9171063	-759	-737
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG584	`AATAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG574	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`CAAGCCCATAT`		+	9171074	9171084	-726	-716
	AtREG525	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 9170934 AT1G26540.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	9170934	AT1G26540.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTTGGGCTATTAGGCCCAATAAG - 9171041 9171063 AT1G26540.1

AtREG574 GTTGGGCT                PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG584    GGGCTATT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG506         ATTAGGCC        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360          TTAGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358           TAGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356            AGGCCCAA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352             GGCCCAAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355              GCCCAATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417               CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611                CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG ATATGGGCTTG - 9171074 9171084 AT1G26540.1

AtREG432 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG477 TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY